Evaluation et amélioration des méthodes de chaînage de données

par Xinran Li

Thèse de doctorat en Biostatistique et informatique médicale

Sous la direction de Jean-Yves Boire et de Lemlih Ouchchane.

Soutenue le 29-01-2015

à Clermont-Ferrand 1 , dans le cadre de École doctorale des sciences de la vie, santé, agronomie, environnement (Clermont-Ferrand) , en partenariat avec ISIT (laboratoire) .

Le président du jury était Jacques Demongeot.

Le jury était composé de Jean-Yves Boire, Lemlih Ouchchane, Pascal Staccini, Jean-Charles Dufour, Claude Dubray.

Les rapporteurs étaient Pascal Staccini, Jean-Charles Dufour.


  • Résumé

    Le chaînage d’enregistrements est la tâche qui consiste à identifier parmi différentes sources de données les enregistrements qui concernent les mêmes entités. En l'absence de clé d’identification commune, cette tâche peut être réalisée à l’aide d’autres champs contenant des informations d’identifications, mais dont malheureusement la qualité n’est pas parfaite. Pour ce faire, de nombreuses méthodes dites « de chaînage de données » ont été proposées au cours des dernières décennies.Afin d’assurer le chaînage valide et rapide des enregistrements des mêmes patients dans le cadre de GINSENG, projet qui visait à mettre en place une infrastructure de grille informatique pour le partage de données médicales distribuées, il a été nécessaire d’inventorier, d’étudier et parfois d’adapter certaines des diverses méthodes couramment utilisées pour le chaînage d’enregistrements. Citons notamment les méthodes de comparaison approximative des champs d’enregistrement selon leurs épellations et leurs prononciations, les chaînages déterministe et probabiliste d’enregistrements, ainsi que leurs extensions. Ces méthodes comptent des avantages et des inconvénients qui sont ici clairement exposés.Dans la pratique, les champs à comparer étant souvent imparfaits du fait d’erreurs typographiques, notre intérêt porte particulièrement sur les méthodes probabilistes de chaînage d’enregistrements. L’implémentation de ces méthodes probabilistes proposées par Fellegi et Sunter (PRL-FS) et par Winkler (PRL-W) est précisément décrite, ainsi que leur évaluation et comparaison. La vérité des correspondances des enregistrements étant indispensable à l’évaluation de la validité des résultats de chaînages, des jeux de données synthétiques sont générés dans ce travail et des algorithmes paramétrables proposés et détaillés.Bien qu’à notre connaissance, le PRL-W soit une des méthodes les plus performantes en termes de validité de chaînages d’enregistrements en présence d’erreurs typographiques dans les champs contenant les traits d’identification, il présente cependant quelques caractéristiques perfectibles. Le PRL-W ne permet par exemple pas de traiter de façon satisfaisante le problème de données manquantes. Notons également qu’il s’agit d’une méthode dont l’implémentation n’est pas simple et dont les temps de réponse sont difficilement compatibles avec certains usages de routine. Certaines solutions ont été proposées et évaluées pour pallier ces difficultés, notamment plusieurs approches permettant d’améliorer l’efficacité du PRL-W en présence de données manquantes et d’autres destinées à optimiser les temps de calculs de cette méthode en veillant à ce que cette réduction du temps de traitement n’entache pas la validité des décisions de chaînage issues de cette méthode.

  • Titre traduit

    Evaluation and improvement of data chaining methods


  • Résumé

    Record linkage is the task of identifying which records from different data sources refer to the same entities. Without the common identification key among different databases, this task could be performed by comparison of corresponding fields (containing the information for identification) in records to link. To do this, many record linkage methods have been proposed in the last decades.In order to ensure a valid and fast linkage of the same patients’ records for GINSENG, a research project which aimed to implement a grid computing infrastructure for sharing medical data, we first studied various commonly used methods for record linkage. These are the methods of approximate comparison of fields in record according to their spellings and pronunciations; the deterministic and probabilistic record linkages and their extensions. The advantages and disadvantages of these methods are clearly demonstrated.In practice, as fields to compare are sometimes subject to typographical errors, we focused on probabilistic record linkage. The implementation of these probabilistic methods proposed by Fellegi and Sunter (PRL-FS) and Winkler (PRL-W) is described in details, and also their evaluation and comparison. Synthetic data sets were used in this work for knowing the truth of matches to evaluate the linkage results. A configurable algorithm for generating synthetic data was therefore proposed.To our knowledge, the PRL-W is one of the most effective methods in terms of validity of linkages in the presence of typographical errors in the field. However, the PRL-W does not satisfactorily treat the missing data problem in the fields, and the implementation of PRL-W is complex and has a computational time that impairs its opportunity in routine use. Solutions are proposed here with the objective of improving the effectiveness of PRL-W in the presence of missing data in the fields. Other solutions are tested to simplify the PRL-W algorithm and both reduce computational time and keep and optimal linkage accuracy.Keywords:


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