Novel mechanisms of gene expression regulation in the human fungal pathogen Cryptococcus neoformans

par Carolin Goebels

Thèse de doctorat en Microbiologie procaryote et eucaryote

Sous la direction de Guilhem Janbon.

Soutenue en 2014

à Paris 7 .


  • Résumé

    Cryptococcus neoformans est un champignon présent dans l'environnement qui est responsable d'infections mortelles principalement chez les patients immunodéprimés. De ce fait, il est exposé à des conditions variables, dans son habitat naturel ainsi qu'en contact avec l'hôte humain. Cela requiert une adaptabilité considérable dont le réseau fondamental de régulation n'est pas encore connu. Une combinaison d'approches ciblées et globales a été utilisée afin de caractériser le rôle des introns dans la régulation de l'expression des gènes chez C. Neoformans. L'analyse du génome d'une souche de référence a révélé une structure de transcriptome très complexe. L'impact des introns sur l'expression des gènes a été abordé en étudiant les transcrits d'un allèle sans intron. Pour la plupart de gènes testés la présence des introns était nécessaire à leur expression. De plus, la protéine nucléaire de liaison de la queue poly(A) Pab2 avait été identifiée comme étant impliquée dans ce processus de régulation. D'autres facteurs potentiels de cette voie et leur interdépendance ont été étudiés. Ces études ont permis de proposer l'existence de deux voies, partiellement redondantes qui contrôlent la dégradation nucléaire des transcrits non-épissés par les exonucleases Rrp44p et Xrn2p, cette dernière appartenant à la même voie que Pab2p. Par ailleurs, une analyse globale par des approches transcriptomiques et protéomiques a été lancée pour la caractérisation du réseau des interactions de Pab2p. En parallèle, une étude phénotypique des souches mutantes a mis en évidence une action coordonnée de différentes exonucléases sur la 'virulence et la reproduction sexuée chez C. Neoformans.


  • Résumé

    Cryptococcus neoformans is an environmentally harboured, opportunistic pathogen that causes life-threatening infections mainly in immunocompromised individuals. As such it is constantly exposed to changing conditions, in its natural habitat as well as when encountering a human host. This requires considerable adaptive capacity of which the underlying regulatory network has yet to be fully explored. Candidate gene and global experimental approaches were pursued during this thesis to delineate the role of introns on gene expression regulation. Genome analysis of an important reference strain revealed a rather complex transcriptome structure. The impact of introns on gene expression was addressed by studying the fate of transcripts derived from an intronless allele. Earlier studies in the lab had shown that most tested genes require introns for their proper expression and identified the nuclear poly(A)-binding protein Pab2 as implicated in this regulatory process. The involvement of several additional components in this pathway and their interconnection were investigated here and finally led to the proposition of two partially redundant pathways that control nuclear degradation of non-spliced mRNAs by the exonucle¬ases Rrp44p and Xrn2p, the latter depending on Pab2p. A global analysis of Pab2p function by transcriptomics and proteomics approaches was initiated for the characterisation of a Pab2p interaction network. In parallel, extensive phenotypic studies of exonucleolytic mutants revealed their concerted contributions to virulence and mating in C. Neoformans,

Consulter en bibliothèque

La version de soutenance existe sous forme papier

Informations

  • Détails : 1 vol. (180 f .)
  • Annexes : 142 réf.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2014) 086
Voir dans le Sudoc, catalogue collectif des bibliothèques de l'enseignement supérieur et de la recherche.