Modifications iatrogènes du microbiote intestinal : impact de la chimiothérapie

par Emmanuel Montassier

Thèse de doctorat en Biologie, médecine et santé. Thérapeutique

Sous la direction de Éric Batard et de Marie-France de La Cochetière.


  • Résumé

    La diarrhée post-chimiothérapie est un effet secondaire fréquent en cancérologie. Elle peut mettre en jeu le pronostic vital. Cependant, la physiopathologie de la diarrhée post-chimiothérapie est à ce jour mal connue et l'impact du microbiote intestinal dans la survenue de la diarrhée n'est pas rapporté à ce jour. L'objectif de notre travail était de décrire les modifications du microbiote fécal survenant au cours de la chimiothérapie et de rechercher des caractéristiques du microbiote fécal prédisposant à la survenue d'une diarrhée. Nous avons inclus 36 patients ayant un lymphome non-hodgkinien et recevant une même chimiothérapie de conditionnement. La flore fécale a été analysée par pyroséquençage. Les séquences ont été analysées avec QIIME. Douze (33%) patients ont développé une diarrhée sévère, dans un délai médian de 13 jours. Nos résultats montrent qu'il y a une diminution de l'alpha-diversité au cours de la chimiothérapie, et que cette diminution est encore plus marquée chez les patients ayant une diarrhée sévère. L'analyse de la béta-diversité sépare en 3 groupes distincts les échantillons collectés avant la chimiothérapie, les échantillons collectés après la chimiothérapie des patients n'ayant pas de diarrhée sévère et les échantillons collectés après la chimiothérapie des patients ayant une diarrhée sévère (p<0,001). L'analyse discriminante linéaire rapporte que le genre Bacteroides est significativement associé à la survenue d'une diarrhée post-chimiothérapie sévère alors que les genres Escherichia, Atobopium, Oribacterium, Anaerococcus, Blautia, Mogibacterium, Bifidobacterium sont significativement associés à l'absence de survenue d'une diarrhée. Notre étude a permis de faire un inventaire complet des modifications du microbiote fécal survenant au cours de la chimiothérapie et a montré qu'il est possible de prédire la survenue d'une diarrhée sévère par l'analyse d'un prélèvement de selles collecté en médiane 6 jours plus tôt.


  • Résumé

    Chemotherapy-induced diarrhea (CID) is one of the main side effects suffered from cancer patients. Clinically, CID contributes to significant fluids and electrolytes depletion leading to hemodynamic collapse and death. However, the pathobiology and the intestinal microbiota alterations associated with this outcome remains incompletely understood. The objective of our study was to determine if specific alterations of the fecal microbiota are associated with subsequent severe CID. We included 36 adult patients with non-Hodgkin's lymphoma undergoing allogeneic hematopoietic stem cell transplantation. All the patients received the same chemotherapy myeloablative conditioning regimen. We collected prechemotherapy and postchemotherapy fecal samples. Bacterial communities were profiled using 454 pyrosequencing of the V5 and V6 hypervariable 16S rRNA gene regions and sequence data were analysed using the QIIME pipeline. We found that fecal microbiota of patients that develop subsequent severe CID exhibit a specific alteration in alpha and beta diversity in postchemotherapy samples. Furthermore, the distribution of bacterial species within the fecal microbiota of the patients that develop severe CID was purposely altered. Following chemotherapy, fecal microbiota turned toward two distinct phylogenetic signatures. Linear discriminant analysis showed that Bacteroides was significantly associated with the development of subsequent severe CID whereas Escherichia, Atobopium, Oribacterium, Anaerococcus, Blautia, Mogibacterium, Bifidobacterium were significantly associated with the absence of subsequent severe CID. In this study, we showed that a specific fecal microbiota alteration predict patients that will develop severe CID by a median of 6 days. Assessment of fecal microbiota may identify patients at risk for severe CID during intensive chemotherapy and preventive manipulations of the intestinal microbiota should be tested to prevent this serious side effect.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (124-[45] f.)
  • Annexes : Bibliogr. f. 109-123, 204 réf.

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  • Bibliothèque : Université de Nantes. Service commun de la documentation. BU Santé.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 14 NANT 01-VS
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