Understanding responses to external stimuli using network-based approaches

par Konrad Frederik Gwinner

Thèse de doctorat en Bioinformatique

Sous la direction de Heribert Hirt et de BENNO SCHWIKOWSKI.

Soutenue le 15-05-2014

à Evry-Val d'Essonne , dans le cadre de Ecole doctorale des Génomes aux organismes (2000-2015 ; Versailles) , en partenariat avec Institut Pasteur (équipe de recherche) .

Le président du jury était Denis Thieffry.

Le jury était composé de Kathleen Marchal, Jost Enninga, Ghislain Bidaut.

Les rapporteurs étaient Kathleen Marchal, Jost Enninga.

  • Titre traduit

    Vers une meilleur compréhension des réponses cellulaires aux stimuli externes en utilisant des approches informatiques dit réseaux


  • Résumé

    Pendant mes travaux de thèse, j'ai développé et appliqué des méthodes informatiques utilisant des données de réseaux afin d'aider l'analyse des données biologiques à haut-débit. Ma thèse consiste en trois projets : L'identification de protéines supplémentaires dans des approches de protéomique différentielle à l'aide des réseaux d'interaction protéiques, l'identification de réseaux régulatoires sous-jacents aux réponses aux stress abiotiques dans arabidopsis thaliana et l'analyse de signature transcriptomique de réponse immunitaire d'hôte spécifique à différentes étapes d'infection par shigella flexneri.


  • Résumé

    In the course of my Ph.D work, i have developed and applied methods making use of network information to adavance the analysis of high-throughput biological data. My thesis comprises three projects :- The identification of additional proteins in differential protemics using protein interaction networks. In this study, we developed a novel computational approach based on protein-protein interaction networks to identify a list of proteins that might have remained undetected in differential proteomic profiling experiments.- The transcriptional regulatory networks underlying responses to environmental stresses. Based on publicly available data, measuring the response of A. Thaliana to a set of abiotic stresses in a time-resolved manner, we applied two complimentary approaches to derive gene regulatory networks underlying the plant's response to the perceived stresses.- The analysis of transcriptional host immune response signatures specific for distinct stages of infection by shigella flexneri. During their host invasion process, shigella localize to different subcellular niches.


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Informations

  • Détails : 1 vol. (xvii-152 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 111-128

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  • Cote : 004.015 7 GWI und
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