Etude systématique des génomes bactériens

par Laetitia Rouli

Thèse de doctorat en Pathologie humaine. Maladies infectieuses

Sous la direction de Didier Raoult.

Le président du jury était Jean-Louis Mège.

Le jury était composé de Didier Raoult, Jean-Louis Mège, Raymond Ruimy, Antoine Andremont, Fadi Bittar, Marie Kempf.

Les rapporteurs étaient Raymond Ruimy, Antoine Andremont.


  • Résumé

    Débutée en 2005, l'ère du pangénome a connu un important essor ces dernières années, notamment grâce aux progrès des techniques de séquençage haut débit. Le pangénome, qui est divisé en deux grandes parties, le core génome et le génome accessoire, offre un grand éventail d'utilisation. Au cours de ces trois dernières années, nous avons étudié cette gamme de possibilités en nous basant sur des pathogènes humains tel que Coxiella burnetii, Kingella kingae et Bacillus anthracis. Ainsi, outre la découverte d'une nouvelle espèce de Kingella et l'étude de quelques génomes spécifiques, nous nous sommes attardés sur le lien entre pangénome et pathogénicité, sur l'importance des SNPs (Single Nucleotide Polymorphism), ainsi que sur la corrélation entre pangénome et taxonomie et donc, par extension, nous avons étudié la notion d'espèce bactérienne.

  • Titre traduit

    Systematic study of bacterial genomes


  • Résumé

    The pangenome area began in 2005 and had known a huge increase thanks to the improvement of the Next Generation Sequencing methods. The pangenome, which is divided into two parts, the core and the accessory genome, offer a large panel of uses. During the last three years, we have studied all these possibilities. We based our work on human pathogens as Coxiella burnetii, Kingella kingae and Bacillus anthracis. Thus, in addition to the discovery of a new Kingella species and the study of some specific genomes, we studied in details the link between pangenome and pathogenicity, the importance of SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) and the correlation between pangenome and taxonomy. Finally, we worked on the bacterial species definition.

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Informations

  • Détails : 1 vol.(175 p.)
  • Annexes : Bibliogr. 20 réf.

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