Escherichia coli pathogènes et résistantes aux antibiotiques dans les effluents d'origine humaine et animale : prévalence et caractérisation avant et après traitement épuratoire

par Alpha Amadou Diallo

Thèse de doctorat en Microbiologie

Sous la direction de Hubert Brugère.

Soutenue en 2013

à Toulouse 3 .


  • Résumé

    Les souches de Escherichia coli se trouvent dans le tractus gastro-intestinal de nombreux animaux à sang chaud, y compris les humains, où ils jouent généralement le rôle de bactéries commensales. Cependant, par acquisition et combinaison de gènes de virulence et de résistance aux antibiotiques, ces souches commensales normalement inoffensives peuvent devenir des agents pathogènes très adaptés capables de causer une variété de maladies, de la gastro-entérite (EHEC, EPEC, EAEC. . . ) à des infections extra-intestinales de l'appareil urinaire, du sang ou du système nerveux central (ExPEC). La recherche des gènes de virulence associés aux EHEC et aux ExPEC et la production de BLSE a été réalisée sur une collection de souches isolées d'effluents d'origine humaine ou animale. La prévalence des gènes de virulence associés aux ExPEC était plus élevée au niveau des effluents urbains (26,9%) et dans les effluents traités (13,2%) que dans les effluents d'abattoir (2,6%). Par contre, les gènes associés aux EHEC étaient plus souvent retrouvés dans les effluents d'origine animale. Par ailleurs, les souches E. Coli productrices de BLSE ont été principalement détectées dans les effluents humains (1,7%). Malgré le traitement en station d'épuration, des E. Coli potentiellement pathogènes et résistantes aux antibiotiques étaient rejetées dans l'environnement qui constitue une source potentielle de contamination des humains et des animaux. La comparaison des résultats obtenus en France et au Sénégal montre que les prévalences de souches E. Coli potentiellement pathogènes étaient plus élevées dans les effluents rejetés en France.

  • Titre traduit

    Pathogenic and antimicrobial-resistant Escherichia coli strains from effluent of human and animal origin : prevalence and characterization before and after purification treatment


  • Résumé

    Strains of Escherichia coli are found in the gastrointestinal tract of many warm-blooded animals, including humans, where they commonly play the role of commensal bacteria. This normally harmless commensal needs only to acquire a combination of virulence factors to become a highly adapted pathogen capable of causing a range of diseases, from gastroenteritis (EHEC, EPEC, EAEC. . . ) to extraintestinal infections of the urinary tract, bloodstream or central nervous system (ExPEC). Genes associated with EHEC and ExPEC and ESBL producing strains were sought in E. Coli strains isolated from human or animal effluent. Prevalence of genes associated with ExPEC was higher in urban effluents (26. 9%) and in the treated effluent (13. 2%) than in the effluents from livestock (2. 6%). In contrast, the genes associated with EHEC were higher in animal waste. Moreover, ESBL-producing E. Coli were mainly detected in human waste. The treatment at the WWTP had not completely eliminated the pathogenic E. Coli and / or ESBL-producing E. Coli. These strains will eventually end up in the watercourse to become a source of human and animal contamination. The comparison of results obtained in France and Senegal shows that the prevalence of potentially pathogenic E. Coli was higher in the effluents in France.

Consulter en bibliothèque

La version de soutenance existe sous forme papier

Informations

  • Détails : 1 vol. (204 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 163-191

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paul Sabatier. Bibliothèque universitaire de sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 2013 TOU3 0162
Voir dans le Sudoc, catalogue collectif des bibliothèques de l'enseignement supérieur et de la recherche.