Stochastic Analysis of Polymer Models Unveils DNA Dynamics and Nuclear Organization

par Assaf Amitai

Thèse de doctorat en Frontières du vivant

Sous la direction de David Holcman.

Soutenue en 2013

à Paris 7 .


  • Résumé

    In this dissertation I study processes in the cell nucleus, which is a rich and yet insufficiently explored fundamental domain, where diffusion is the main driver of molecular motion. Thus, the encounter of small chromosomal sites regulates gene expression, the exchange of genetic material, or the repair of DNA breaks. Another example of a search for a small target is that of bringing a transcription factor bound to the DNA close to its promoter site by forming a loop. None of these examples is solvable with the methods developed so far for search models of a pointwise diffuser in 2 and 3 dimensions. Therefore, these processes call for a new framework and quantification that requires deriving physical models, analysis of the associated equations, simulations, and methods for analyzing data.


  • Résumé

    Dans cette thèse, j'étudie des processus dans lesquels le mouvement moléculaire est principalement dû à la diffusion, à l'intérieur du noyau cellulaire qui est un domaine fondamental qui reste encore mal exploré. Ainsi, la rencontre de petits sites chromosomiques régule l'expression génétique, l'échange de matériel génétique, ou la réparation des cassures de l'ADN. Un autre exemple de recherche d'une petite cible est la formation de boucles de l'ADN. Ce type de processus permet d'amener un facteur de transcription lié à l'ADN à proximité de son promoteur. Aucun de ces exemples ne peut être résolu avec les méthodes développées jusqu'à présent pour les modèles de recherche d'une particule ponctuelle diffusant en 2 et 3 dimensions. Par conséquent, ces processus exigent un nouveau cadre et une quantification qui nécessite de dériver des modèles physiques, l'analyse des équations associées, des simulations et des méthodes d'analyse des données.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (201 p.)
  • Annexes : 194 réf.

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  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2013) 257

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  • Non disponible pour le PEB
  • Cote : 2013PA077257
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