Comparaison intra et inter-espèces des régulations transcriptionnelles associées aux facteurs de transcription de la famille YAP

par Christel Goudot

Thèse de doctorat en Analyse des génomes et modélisation moléculaire

Sous la direction de Gaëlle Lelandais.

Soutenue en 2013

à Paris 7 .


  • Résumé

    Les facteurs de transcription de la famille YAP ont un rôle important dans la mise en place de la réponse transcriptionnelle des cellules à divers stress environnementaux. Dans un premier temps, nous avons travaillé avec un seul des membres de la famille, YAP1 (décrit comme étant le régulateur principal de la réponse au stress oxydant), au sein de trois espèces de levures : Saccharomyces cerevisiae, Candida glabrata et Candida albicans. Pour cela, nous avons utilisé une stratégie bioinformatique permettant d'intégrer des données hétérogènes et identifier avec une bonne confiance les gènes cibles des trois facteurs de transcription YAP1. Ainsi, nous avons montré que les mécanismes de régulations transcriptionnelles associés aux facteurs de transcription YAP1 étaient plus similaires entre les levures S. Cerevisiae et C. Albicans qu'entre S. Cerevisiae et C. Glabrata (pourtant plus proches sur le plan phylogénétique de S. Cerevisiae que ne l'est C. Albicans). Egalement, nous avons montré que les propriétés de reconnaissance de l'ADN par le protéines YAP1 divergent de façon significative chez les levures. Dans un second temps, nous avons étudié les régulations transcriptionnelles en relation avec l'ensemble des 8 protéines paralogues YAP chez S. Cerevisiae. L'intégration d'un grand nombre de données issues de la littérature a permis de définir un réseau de « cis-interactions ». L'analyse de ce réseau a montré que ces protéines étaient impliquées dans des réponses communes (le stress oxydant, le stress lié aux métaux lourds ou aux dommages causés à l'ADN) et ce, malgré une spécificité des gènes cibles et des motifs de liaison à l'ADN similaires.

  • Titre traduit

    Intra and inter-species comparisons of transcriptional regulations associated to the YAP family transcriptions factors


  • Résumé

    YAP family transcription factors has an important role in the establishment of the transcriptional responses to various environmental stresses. On the first hand, we worked with only one transcription factor, YAP1 (described as the main regulator in oxidative stress response) in three yeast species: Saccharomyces cerevisiae, Candida glabrata and Candida albicans. For this, we used a computational approach to integrate heterogeneous data and identify, with a good confidence, YAP1 target genes in each species. Thus, we have shown that the mechanisms of transcriptional regulation associated with YAP1 transcription factor were more similar between the yeast species S. Cerevisiae and C. Albicans than between the yeast species S. Cerevisiae and C. Glabrata (even though yeast C. Glabrata is more closely related to the yeas Saccharomyces cerevisiae than the yeast Candida albicans). Also, we demonstrated that the DNA recognition properties by the YAP1 protein are different between the three yeast species. On the other hand, we studied the transcriptional regulation of eight paralogous members of the YAP family in the model yeast S. Cerevisiae. Integration of large data sets from the literature enabled to identify "cis-interactions" network of the YAP proteins. Network analysis showed that the YAP proteins were involved in common responses (oxidative stress response, metal stress response and DNA damage response) despite a target gene specificity and similar DNA-binding motifs.

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  • Détails : 1 vol. (149 p.)
  • Annexes : 235 réf.

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  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2013) 196
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