Etude génomique de souches hautement pathogènes de clostridium difficile

par Marc Monot

Thèse de doctorat en Microbiologie procaryote et eucaryote

Sous la direction de Bruno Dupuy.

Soutenue en 2013

à Paris 7 .


  • Résumé

    L'objectif de ce travail était d'identifier les bases moléculaires associées au caractère "prévalent" ou "sévère" de souches de C. Difficile, par une analyse comparative globale, tana génomique que transcriptomique. Nous avons dû pour cela développer un ensemble d'outils bioinformatique pour analyser les données générées. Nous avons obtenu par séquençage, le contenu et le niveau d'expression des gènes de 9 couples de souches correspondant à 5 souches « prévalentes » associées à des souches phylogénétiquement proche et rarement retrouvées en milieu hospitalier et à 4 souches « sévères » associées à des souches phylogénétiquement identiques mais ayant été responsables de formes modérées de l'infection. Nous avons réalisé les génomes « brouillons » de ces 18 nouvelles souches de C. Difficile sur lesquels ont été alignées les séquences des transcriptomes. L'annotation des nouveaux génomes dépendant fortement de la qualité d'annotation de la souche de référence, nous avons du réaliser une réannotation de l'ensemble des gènes de la souche CD630 de C. Difficile (Monot et al, / Med Micro 2011). Par ailleurs, nous avons développé une interface web spécifiquement créée pour visualiser et analyser l'ensemble des données de séquençage (Monot et al, en révision). Finalement, cette analyse nous a permis 1) d'établir les différences de contenu et d'expression des gènes des couples de souches des deux groupes d'intérêt « prévalent » et « sévère », ii) de réaliser le core et pan génome de C. Difficile ainsi que les reconstructions phylogénétiques à partir de ces nouveaux génomes séquences et iii) de révéler des variabilités génétiques globales et uniques entre les souches étudiées.

  • Titre traduit

    Pathogenimic of increased virulence Clostridium difficile strains


  • Abstract

    Since 2000 both the severity and the mortality of the Clostridium difficile infections increased due to the emergence of new hypervirulent strains. To identify the molecular basis of emergence and increase virulence of CJ difficile strains, we conducted comparative pairwise genetic and transcriptomic analyses from a selection of <j phylogenetically close couples of strains, 5 prevalent strains associated with strains rarely found in hospitals anc 4 severe-case strains associated with strains responsible for a moderate form of the infection. We achieved the draft sequence of these 18 C difficile strains on which the transcriptome sequence were aligned. The annotatior of these new genome were highly dependent on the quality of annotation of the reference strain, this is why we had to make a reannotation of all genes of the CD630 strains (Monot et al,/ Med Micro 2011). In addition, we have developed a web interface specifically created to visualize and analyze all the sequencing data (Monot et al, undei review). The data analysis allowed us to i) establish the differences in content and gene expression of each pair o strains, ii) carry out the core and the pangenome of C. Difficile and phylogenetic reconstructions from these new genomes sequenced and iii) unveil global and unique genetic variabilities among the studied strains.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (223 p.)
  • Annexes : 204 réf.

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  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2013) 093
  • Bibliothèque : Institut Pasteur (Paris). Centre de Ressources en Information Scientifique (CeRIS) - Bibliothèque.
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