Architecture et standardisation des systèmes de surveillance épidémiologique : application au réseau sentinelles

Architecture and standardization of epidemiological surveillance system : application to the sentinel network

• Auteur / Autrice : Clément Turbelin
• Direction : Pierre-Yves Boëlle
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Informatique Biomédicale
• Date : Soutenance en 2013
• Etablissement(s) : Paris 6

Mots clés

Mots clés contrôlés

Épidémiologie

Surveillance biologique

Résumé

L’objectif de cette thèse est de montrer comment les systèmes de surveillance épidémiologique doivent évoluer pour accompagner le développement des systèmes d’information. Une revue de la littérature est d’abord présentée pour établir l’état des connaissances et des méthodes concernant les sources de données utilisées en surveillance épidémiologique humaine, l’architecture de ces systèmes d’information et les traitements appliqués afin de répondre aux objectifs de la surveillance et enfin la standardisation des données sources et produites par ces systèmes. Dans un deuxie��me temps nous présentons nos travaux originaux : 1 – JSentinel, un outil de recueil de données générique est déployé au sein du réseau Sentinelles puis évalué. L’évaluation de cette solution a permis de montrer un gain sur la surveillance par la réduction du délai de report vers une notification quotidienne et une amélioration de la qualité des données fournies. 2 - Deux standards existants, SDMX - HD (Statistical Data and Metadata Exchange) et OData (OpenData) ont été implémentées pour représenter les données produites par le réseau Sentinelles. SDMX-HD, favorise une harmonisation des référentiels tandis que OData, supportée par large écosystème facilite la publication des données. La pérennité de ces standards est un facteur bloquant pour un choix final. 3 – Finalement, nous montrons la réalisation technique d’une source de données communautaire (query logs de Google ©) comme source de données de surveillance épidémiologique, en comparaison avec le réseau Sentinelles. Les résultats sont finalement discutés ainsi que les perspectives de développement.

The objective of this thesis was to show up how public health surveillance integrates evolutions of information technologies. A literature review first presents the state of the art of data sources used by public health surveillance systems for human disease surveillance, the architecture used to build such system the treatments applied to data in order to assess the surveillance goal and finally the data standardization in the field to exchange input and output data of these systems. A second part presents our work in the field:1 – JSentinel, is a desktop-based generic data collection tool based on an abstract data model and communication protocol. An evaluation of its usage by GPs of the French Sentinelles network showed a reduction of the notification delay and an increase of the rate of provided individual data for each notified case. 2 – Two solutions were compared to standardize exchanges of data from PHS systems: SDMX-HD (Statistical Data and Metadata Exchange) and OData. These two solutions were implemented to publish French Sentinelles network’s data. SDMX-HD based solution, by promoting an harmonization of metadata and data structure leads to a better interoperability and the OData solution, supported by a wide ecosystem allows to easily publish data but does not propose a common data model. Sustainability of these standards is also a blocking factor to promote them as a standard candidate. 3 – In a third work we used query log data from the Google‘s search engine as surveillance data for several infectious diseases and compare it to the French Sentinelles network’s incidence rates. Finally the results and future evolutions are discussed.