Thèse soutenue

Une étude bioinformatique du dialogue métabolique entre trypanosome non pathogène et son endosymbiote à des buts évolutifs et fonctionnels
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Auteur / Autrice : Cecilia Coimbra Klein
Direction : Marie-France SagotAna Tereza Ribeiro de Vasconcelos
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Bioinformatique
Date : Soutenance le 12/11/2013
Etablissement(s) : Lyon 1
Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale Evolution Ecosystèmes Microbiologie Modélisation
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive
Jury : Président / Présidente : Frédéric Bringaud
Examinateurs / Examinatrices : Christian Gautier, Eduardo Pimentel Cachapuz Rocha
Rapporteurs / Rapporteuses : Siv Andersson, Michael Barrett

Mots clés

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Résumé

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Lors de cette thèse, nous avons présenté trois principaux types d'analyses du métabolisme, dont la plupart impliquaient la symbiose : dialogue métabolique entre un trypanosomatide et son symbiote, analyses comparatives de réseaux métaboliques et exploration de données métabolomiques. Tous ont été essentiellement basés sur des données de génomique où les capacités métaboliques ont été prédites à partir des gènes annotés de l'organisme cible, et ont été affinées avec d'autres types de données en fonction de l'objectif et de la portée de chaque analyse. Le dialogue métabolique entre un trypanosomatide et son symbiote a été explorée avec des objectifs fonctionnels et évolutifs qui comprenaient une analyse des voies de synthèse des acides aminés essentiels et des vitamines telles que ces voies sont classiquement définies, une exploration de réseaux complets métaboliques et une recherche de potentiels transferts horizontaux de gènes des bactéries vers les trypanosomatides. Les analyses comparatives effectuées ont mis l'accent sur les capacités métaboliques communes de bactéries appartenant à différents groupes de vie, et nous avons proposé une méthode pour établir automatiquement les activités métaboliques communes ou spécifiques à chaque groupe. Nous avons appliqué notre méthode d'énumération d'histoires métaboliques à la réponse de la levure à une exposition au cadmium comme une validation de cette approche sur une réaction au stress bien étudiée. Nous avons montré que la méthode a bien capté la connaissance que nous avons de cette réponse en plus de permettre de nouvelles interprétations des données métabolomiques mappées sur le réseau métabolique complet de la levure