Yersinia enterocolitica chez le porc : détection, caractérisation et prévalence

Yersinia enterocolitica in porks : detection, characterization and prevalence

• Auteur / Autrice : Marc Fondrevez
• Direction : Martine Denis
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie
• Date : Soutenance en 2012
• Etablissement(s) : Rennes 1
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Vie-Agro-Santé (Rennes)
• Partenaire(s) de recherche : autre partenaire : Université européenne de Bretagne (2007-2016)

Mots clés

Mots clés contrôlés

Épidémiologie

Infections à Yersinia enterocolitica

Prévalence

Épidémiologie moléculaire

PCR (génétique)

Porc -- Élevage

Yersinia enterocolitica

Résumé

Yersinia enterocolitica est le troisième agent responsable de zoonoses en Europe. Le porc est identifié comme le principal réservoir des Y. Enterocolitica pathogènes pour l’homme. L’objectif de ce travail était le développement de méthodes de détection et de caractérisation génétique. La méthode de détection reposant sur un enrichissement en bouillon ITC, suivi d’un isolement sur gélose CIN puis sur gélose YeCM a prouvé une meilleure performance que la norme en cours pour détecter la bactérie. Cette méthode réduit par ailleurs le nombre de tests biochimiques nécessaires à la confirmation de l’espèce Y. Enterocolitica. Une gélose chromogénique YECA a été testée pour détecter spécifiquement les biotypes pathogènes. Une PCR Temps-Réel ciblant le gène ADNr 16S a été développée pour identifier spécifiquement les Y. Enterocolitica. Le typage par RFLP-PFGE d’isolats récupérés sur des porcs à l’abattoir, ainsi que la détection de gènes de virulence par PCR Temps-Réel ont été effectuées. Les isolats sont apparus comme très clonaux et une grande majorité était porteur des principaux gènes de pathogénicité. Enfin, une étude de prévalence a été réalisée sur 3120 porcs issus de 96 lots dans 16 abattoirs sur un an. 13,7 % des porcs et 74,3 % des lots étaient positifs. Le biotype majoritaire était le biotype 4 (92,5% des isolats). Un effet saison a été observé, avec une prévalence individuelle plus importante lors des mois chauds. Cette étude démontre  l’importance de Yersinia enterocolitica dans la filière porcine française.

Yersinia enterocolitica is the third pathogen responsible of zoonosis in Europe. Pig is considered as the principal reservoir of pathogenic Y. Enterocolitica for humans. The goal of this study was to develop methods for detection and genetic characterization. The detection method using enrichment in ITC broth followed by streaking on CIN then on YeCM proved its performance to detect the bacteria compared to the actual norm. This method reduces the number of biochemical tests necessary to confirm this species Y. Enterocolitica. A chromogenic medium YECA was tested to detect specifically the pathogenic biotypes. A real-time PCR targeting DNAr 16S was developed to identify specifically Y. Enterocolitica. Genotyping by RFLP-PFGE of isolates from slaughtered pigs and the detection of virulence genes by real-time PCR were realized. Isolates are closely related and a majority carried all the genes of virulence. Then, a one-year study of prevalence was realized on 3120 pigs from 96 batches in 16 slaughterhouses. 13. 7% of pigs and 74. 3% of batches were positive. The most prevalent biotype was biotype 4 (92. 5% of the isolates). A season effect was observed; individual prevalence was higher during warm months. This study shows the importance of Yersinia. Enterocolitica in the French pig production.