Etude des gènes plasmidiques de résistance aux fluoroquinolones : détection et facteurs d'émergence in vitro et in vivo

par Thomas Guillard

Thèse de doctorat en Infectiologie

Sous la direction de Emmanuelle Cambau et de Christophe De Champs.

Soutenue en 2012

à Paris 7 .


  • Résumé

    Les fluoroquinolones figurent parmi les antibactériens les plus prescrits aujourd'hui dans le monde. Les trois principaux mécanismes de résistances plasmidiques aux quinolones, d'intérêt clinique, sont les protéines Qnr, l'enzyme AAC(6')-Ib-cr et la pompe d'efflux QepA. Ils ont été décrits relativement récemment par rapport à l'utilisation des quinolones en thérapeutique. Ces mécanismes confèrent un bas niveau de résistance. Cela implique le recours à une détection moléculaire, et pose la question, de la diminution de la réponse au traitement par quinolone. Premièrement,nous avons développé des techniques par PCR en temps réel pour détecter les gènes qepA et qnr et pour caractériser les alleles qnr, ainsi qu'une technique par pyroséquençage pour détecter le gène aac(6')-Ib-cr. Deuxièmement, nous avons montré que, malgré une faible augmentation de la concentration minimale inhibitrice, la production d'AAC(6')-Ib-cr réduit significativement l'activité bactéricide de la ciprofloxacine dans un modèle expérimental murin de pyélonéphrite à Escherichia coll. Enfin, lors de l'étude des collections d'isolats cliniques, nous avons caractérisé sept petits plasmides non transférables portant qnrD et hébergés par des souches de la tribu des Proteeae. L'étude du support génétique de qnrD a permis d'avancer l'hypothèse de sa mobilisation par l'intermédiaire d'un élément de type «mobile insertion cassette» (mie). Le progéniteur de qnrD n'a pour le moment pas été identifié, mais d'après les caractères génétiques observés il est vraisemblable que l'émergence de ce gène dans la tribu des Proteeae ait précédée sa dissémination aux autres entérobactéries.


  • Résumé

    Fluoroquinolones are currently among the most heavily prescribed antimicrobials in the world. The three main plasmid-mediated quinolone résistance (PMQR determinants of clinical interest are the Qnr proteins, the AAC(6')-Ib-cr enzyme and the QepA efflux pump. PMQR have been described more recently than the fluoroquinolones therapeutic use. Since these mechanisms confer a low-level résistance, molecular detection of qnr genes among clinical bacterial isolates is worthwhile. Moreover, clinical relevance of PMQR needs to be pointed out by decrease of in vivo fluoroquinolones activity. Firstly, we developed real-time PCR for rapid qnr and qepA gènes detection and for qnr alleles characterization, and pyrosequencing detection of aac(6')Ib-cr gene. Secondly, we reported that an optimal regimen of ciprofloxacin did not significantly decrease the bacterial count in kidneys of mice infected with AAC(6')-Ib-cr-producing Escherichia coll strain susceptible in vitro, in a murine model of pyelonephritis. At last, we described seven small non-transmissible plasmids harbouring qnrD in strains of the tribe of Proteeae. Characterization of the qnrD genetic support led us to hypothesize the qnrD mobilization by a "mobile insertion cassette" (mie). Although qnrD progenitor remains unidentified, genetic characteristics suggest that qnrD appeared in the tribe of Proteeae before its spread to other enterobacterial strains.

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  • Détails : 1 vol. (183 f.)
  • Annexes : Bibliogr. p.128-164. Annexes p. 165-183

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  • Cote : TS (2012) 234
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  • Cote : MFTH 10773
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  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 109431
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