Caractérisation des protéines cellulaires interagissant avec l'intégrase du rétrotransposon Ty1 chez Saccharomyces cerevisiae

par Aurélie Tchalikian

Thèse de doctorat en Thérapeutiques biotechnologiques

Sous la direction de Pascale Lesage.

Soutenue en 2012

à Paris 7 .


  • Résumé

    Le rétrotransposon Tyl de Saccharomyces cerevisiae possède des analogies structurales et fonctionnelles avec les rétrovirus. Ces rétroéléments partagent notamment l'étape d'intégration, qui est catalysée par leur intégrase (IN) et ciblée vers des régions particulières du génome. Cette sélectivité d'intégration dépendrait d'une interaction entre leur IN et une ou plusieurs protéines cellulaires affines de l'ADN ou de la chromatine au site d'insertion. L'intégration de Tyl s'effectue dans une fenêtre d'une kilobase en amont des gènes transcrits par l'AR? polymérase III (Pol III) et dépend de la structure de la chromatine et de la transcription par la Pol II L'objectif de cette thèse est de caractériser les protéines interagissant avec l'IN de Tyl pour étudier leur rôle dans l'intégration. Nous avons identifié par crible double-hybride une interaction entre l'IN et les protéines AC40, Srl2 et Upc2 qui ont des fonctions liées au métabolisme de l'ADN. La protéine AC40 est une sous unité de la Pol III et pourrait donc jouer un rôle dans la sélectivité d'intégration. Nous avons confirmé l'interaction entre les deux protéines et défini le domaine minimal d'interaction de l'IN avec AC40. L fréquence de rétrotransposition de Tyl dans une souche exprimant une protéine AC40 n'interagissant pas avec l'IN n'est pas altérée, suggérant que l'interaction entre les deux protéines serait impliquée dans la sélectivité plutôt que dans l'efficacité d'intégration. A l'inverse, la fréquence de rétrotransposition diminue dans de souches dépourvues de Srl2 ou Upc2 indiquant que ces protéines joueraient un rôle dans l'efficacité de la rétrotransposition.

  • Titre traduit

    Characterization of cellular proteins that interact with the integrase of the Tyl retrotransposon of Saccharomyces cerevisiae


  • Résumé

    Integration is an essential step in the retrovirus life cycle and is catalyzed by the retroviral integrase (IN). It does not occur randomly throughout the host-cell genome but presents a pattern of preferred sites that is specific to each element. A common targeting mechanism has been proposed, based on the interaction of IN with cellular factors bound at preferential insertion sites. The Tyl LTR-retrotransposon of S. Cerevisiae is analogous to retroviruses in its structure and mode of replication. Tyl integrates in a window of one kilobase upstream of RNA polymerase III (Pol III)-transcribed genes. Tyl preference depends both on the chromatin structure and Pol III transcription. The aim of this work was to identify cellular cofactors of Tyl IN and to elucidate their role in Tyl integration. We discovered an interaction between Tyl IN and AC40, a subunit of Pol III in a two-hybrid screen, suggesting that AC40 could be involved in the selectivity of Tyl integration. We confirmed the interaction between the proteins and showed that the C-terminus part of IN is necessary and sufficient. The frequency of integration is not affected by the loss of interaction, suggesting that it may be involved in the selectivity of integration rather than the efficiency. We also identified Upc2 and Srl2 as Tyl IN interacting proteins and showed that the frequency of integration decreases two-fold in their absence, indicating that these proteins may also play a role in Tyl mobility.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (199 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : 356 réf.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2012) 006
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