Variabilité moléculaire et mode évolutif du gène de virulence Gp-Rbp-A et du co-Facteur RanGap2 impliqués dans l’interaction incompatible entre le nématode Globodra pallida et la pomme de terre Gpa2 résistante

par Jean Carpentier

Thèse de doctorat en Biologie et agronomie

Sous la direction de Maria Manzanares-Dauleux et de Éric Grenier.

Soutenue en 2012

à Rennes, Agrocampus Ouest .


  • Résumé

    Afin de lutter contre le nematode à kyste de la pomme de terre, Globodera pallida, l’utilisation de variétés résistantes est maintenant préconisée. Cependant la plupart des gènes de résistances connus, comme le gène majeur Gpa2 ne sont efficaces que vis-à-vis d’un nombre réduit de populations. De plus Gpa2 nécessite la présence d’un co-facteur, RanGAP2, pour reconnaître la protéine d’avirulence du nématode codée par le gène Gp-Rbp-1 et déclencher alors les mécanismes de défenses de la plante. L’objectif de cette étude est de caractériser le spectre d’e efficacité de Gpa2 vis-à-vis de populations de G. Pallida originaires d’Europe et d’Amérique du Sud (bassin d’origine du nématode) et de décrire la variabilité moléculaire et fonctionnelle de Gp-Rbp-1 et chez Gp-Rbp-1 qui pourrait affecter l’interaction ave Gpa2 et du polymorphisme chez RanGAP2 qui pourrait être utilisé pour élargir le spectre d’action du gène Gpa2. Nous avons montré que la sensibilité d’un cultivar de pomme de terre exprimant Gpa2 à une population de G. Pallida ne pouvait être expliquée exclusivement par la fréquence de variants avirulents de Gp-Rbp-1 dans cette population de nématodes. De plus parmi les huit sites de Gp-Rbp-1 détectés sous slection positive, la seule variation d’acide mainé en position 187 (proline/sérine) s’est avérée suffisante pour expliquer la reconnaissance de GP-RBP-1 par GPA2. Malgré de nombreux sites détectés sous sélection purifiante, RanGAP2 présente deux sites polymorphes (acides aminés 106 et 237) et une insertion/délétion d’intérêt. La variabilité au niveau de ces sites ne permet pas la reconnaissance des variants virulents (non reconnus ) de GP-RBP-1 par GPA2 mais semble néanmoins affecter l’intensité de la réaction d’hypersensibilité qui se produits lors de lla reconnaissance des variants avirulents de GP-RBP-1 par GPA2.


  • Résumé

    In order to control the potato cyst nematode. Globodera pallida, using resistant varieties is now advocated. Nevertheless, most of the resistance genes, including ther major gene Gpa2 are efficient only against a lim ited number of nematode populations. Moreover Gpa2 needs the presence of a co-factor – RanGAP2 – to recognize the nematode avirulence protein coded by the Gp-RBP-1 gene and to trigger the plant defence mechanisms. The present work aims to characterize the efficiency spectrum of Gpa2. Our goals were to identify the Gp-Rbp-1 polymorphisms affecting the outcome of the interaction with Gpa2 and the polymorphisms in RanGAP2 that can be used to expand the range of G. Pallida populations controlled by Gpa2. We have shown tha susceptibility of a potato cultivar expressing Gpa2 to a G. Pallida population. Furthermore, among the eight sites of Gp-Rbp-1 found under positive selection, the sole variation at amino acid position 187 (proline/serine) remained sufficienet to explain the recognition of GP-RBP 1 by GPA2. Despite numerous sites found to have evolved under purifying selection, RanGAP2 have two polymorphic sites (amino acids 106 and 237) and one insertion/deletion of interest. Variability observed at these sites do not enable the recognition of virulent variants (non-recognized) of GP-RBP-1 by GPA2 but seems to affect intensity of the hypersensitive response triggered by the recognition of avirulent variants of Gp Rbp-1 GPA2

Consulter en bibliothèque

La version de soutenance existe sous forme papier

Informations

  • Détails : 1 vol. (162 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr(97-107 p.)

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : AGROCAMPUS OUEST. Bibliothèque Générale de Rennes.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : C 105
  • Bibliothèque : AGROCAMPUS OUEST. Institut national d'horticulture et de paysage. Bibliothèque générale.
  • Non disponible pour le PEB
  • Cote : PV ENN 2 L (BG-2013/51)
Voir dans le Sudoc, catalogue collectif des bibliothèques de l'enseignement supérieur et de la recherche.