Thèse soutenue

Systématique et phylogéographie des chauves-souris africaines de la sous-famille des Epomophorinae (Chiroptera, Pteropodidae)
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Auteur / Autrice : Nicolas Nesi
Direction : Géraldine VeronAlexandre Hassanin
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Sciences de la nature et de l'homme. Biologie des organismes
Date : Soutenance en 2012
Etablissement(s) : Paris, Muséum national d'histoire naturelle
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de la nature et de l'Homme - Évolution et écologie (Paris)
Jury : Président / Présidente : Eric Quiennec
Examinateurs / Examinatrices : Jean-François Cosson, Jean-Marc Pons, Michel Veuille
Rapporteurs / Rapporteuses : Steven M. Goodman, Manuel Ruedi

Mots clés

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Résumé

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La sous-famille Epomophorinae comprend 24 espèces de chauves-souris frugivores distribuées en Afrique subsaharienne. Parmi elles, trois espèces ont été identifiées comme réservoirs du virus Ebola : Epomops franqueti, Hypsignathus monstrosus et Myonycteris torquata. Les objectifs de cette thèse étaient de faciliter l’identification des chauves-souris par l’approche des codes-barres moléculaires (Barcode), de mieux comprendre leur évolution, avec un intérêt tout particulier pour la positon phylogénétique des taxons étudiés en virologie, et de tester la structuration géographique des espèces. Au cours de ce travail, deux gènes mitochondriaux (Cytb et CO1) ont été séquencés pour 1142 spécimens. L’analyse de ces données et la comparaison avec le signal nucléaire ont révélé que les codes-barres mitochondriaux ne sont pas efficaces pour distinguer les huit espèces actuellement reconnues dans le complexe Epomophorus / Epomops dobsonii / Micropteropus. Ils permettent cependant de caractériser les 18 autres espèces d’Epomophorinae, ainsi que plusieurs sous-espèces. Une reconstruction phylogénétique reposant sur 13 gènes (11029 nt) et un échantillonnage taxonomique comprenant 47 spécimens a mis en évidence plusieurs clades robustes et fiables, ce qui a permis de proposer une nouvelle classification. Dans sa nouvelle définition, la sous-famille Epomophorinae contient six tribus (Epomophorini, Myonycterini, Plerotini, Rousettini, Scotonycterini et Stenonycterini). Des changements taxonomiques sont décrits dans la plupart des genres. L’espèce Myonycteris leptodon est réhabilitée et une nouvelle espèce du genre Megaloglossus est décrite en Afrique de l’Ouest. Les analyses phylogéographiques ont révélé que la plupart des espèces présentaient une forte structuration entre l’Afrique de l’Ouest et l’Afrique centrale, à l’exception de trois espèces possédant une meilleure capacité de dispersion : Hypsignathus monstrosus, grâce à sa grande taille ; Micropteropus pusillus et Nanonycteris veldkampii, en raison de leur adaptation à la savane. Cette étude montre que les espèces réservoirs du virus Ebola ont évolué différemment face aux changements climatiques du Plio-Pléistocène.