Systématique et phylogéographie des chauves-souris africaines de la sous-famille des Epomophorinae (Chiroptera, Pteropodidae)

par Nicolas Nesi

Thèse de doctorat en Sciences de la nature et de l'homme. Biologie des organismes

Sous la direction de Géraldine Veron et de Alexandre Hassanin.

Le président du jury était Eric Quiennec.

Le jury était composé de Jean-François Cosson, Jean-Marc Pons, Michel Veuille.

Les rapporteurs étaient Steven M. Goodman, Manuel Ruedi.


  • Résumé

    La sous-famille Epomophorinae comprend 24 espèces de chauves-souris frugivores distribuées en Afrique subsaharienne. Parmi elles, trois espèces ont été identifiées comme réservoirs du virus Ebola : Epomops franqueti, Hypsignathus monstrosus et Myonycteris torquata. Les objectifs de cette thèse étaient de faciliter l’identification des chauves-souris par l’approche des codes-barres moléculaires (Barcode), de mieux comprendre leur évolution, avec un intérêt tout particulier pour la positon phylogénétique des taxons étudiés en virologie, et de tester la structuration géographique des espèces. Au cours de ce travail, deux gènes mitochondriaux (Cytb et CO1) ont été séquencés pour 1142 spécimens. L’analyse de ces données et la comparaison avec le signal nucléaire ont révélé que les codes-barres mitochondriaux ne sont pas efficaces pour distinguer les huit espèces actuellement reconnues dans le complexe Epomophorus / Epomops dobsonii / Micropteropus. Ils permettent cependant de caractériser les 18 autres espèces d’Epomophorinae, ainsi que plusieurs sous-espèces. Une reconstruction phylogénétique reposant sur 13 gènes (11029 nt) et un échantillonnage taxonomique comprenant 47 spécimens a mis en évidence plusieurs clades robustes et fiables, ce qui a permis de proposer une nouvelle classification. Dans sa nouvelle définition, la sous-famille Epomophorinae contient six tribus (Epomophorini, Myonycterini, Plerotini, Rousettini, Scotonycterini et Stenonycterini). Des changements taxonomiques sont décrits dans la plupart des genres. L’espèce Myonycteris leptodon est réhabilitée et une nouvelle espèce du genre Megaloglossus est décrite en Afrique de l’Ouest. Les analyses phylogéographiques ont révélé que la plupart des espèces présentaient une forte structuration entre l’Afrique de l’Ouest et l’Afrique centrale, à l’exception de trois espèces possédant une meilleure capacité de dispersion : Hypsignathus monstrosus, grâce à sa grande taille ; Micropteropus pusillus et Nanonycteris veldkampii, en raison de leur adaptation à la savane. Cette étude montre que les espèces réservoirs du virus Ebola ont évolué différemment face aux changements climatiques du Plio-Pléistocène.


  • Résumé

    The subfamily Epomophorinae includes 24 fruit bat species distributed in sub-Saharan Africa. Among them, three species have been identified as reservoir host of Ebola virus: Epomops franqueti, Hypsignathus monstrosus and Myonycteris torquata. The main aims of the PhD thesis were to apply the DNA barcode approach for identifying the species of fruit bats, to understand their evolutionary history, with a special emphasis on reservoir host species, and to test the geographic structure at the species level. During this work, two mitochondrial genes (Cytb and COI) were sequenced for 1142 specimens. The mitochondrial analyses and their comparisons with the signal of nuclear markers have revealed that mitochondrial barcodes cannot be used to identify the eight species currently recognized in the complex Epomophorus / Epomops dobsonii / Micropteropus. Nevertheless, the mtDNA barcode approach allows us to identify the 18 other species of Epomophorinae, as well as several subspecies. The analyses of 13 genes (representing 11029 nucleotides) for 47 taxa have provided a robust and reliable phylogenetic tree. The results are used to propose a new classification, in which the subfamily Epomophorinae includes six tribes (Epomophorini, Myonycterini, Plerotini, Rousettini, Scotonycterini and Stenonycterini). A few additional taxonomic changes are proposed at the genus and species levels. Among them, the species Myonycteris leptodon is rehabilitated, and a new species of Megaloglossus is described in western Africa. The phylogeographic analyses have shown that most species present a strong structure between western Africa and central Africa forest blocks. There are three exceptions, which correspond to species able to disperse between the two forest blocks: Hypsignathus monstrosus, due to his large size; Micropteropus pusillus and Nanonycteris veldkampii, due to their adaptation to the savanna. This study shows that reservoirs host species of Ebola virus have evolved differently during the Plio-Pleistocene climatic oscillations.

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  • Détails : 1 vol. (184 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 165-174

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  • Disponible sous forme de reproduction pour le PEB
  • Cote : B 215-208
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  • Cote : TH 2012 -- 30
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