Diagnostic du cancer par puces à protéines 3D

3D-Microstructured Protein Chip for Cancer Diagnosis

• Auteur / Autrice : Zhugen Yang
• Direction : Eliane Souteyrand, Emmanuelle Laurenceau
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Micro et nano-technologies
• Date : Soutenance le 20/07/2012
• Etablissement(s) : Ecully, Ecole centrale de Lyon
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Électronique, électrotechnique, automatique (Lyon)
• Jury : Président / Présidente : Michel Sève
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Eliane Souteyrand, Claude Lambert, Yasemin Ataman-Önal
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Claire-Marie Pradier, Pierre-Jean Lamy

Mots clés

Mots clés contrôlés

Marqueurs tumoraux

Chimie des surfaces

Filtres à protéines

Cancer -- Diagnostic

Mots clés libres

Diagnostic du cancer

Puces à protéines 3 D

Protein microarray

Surface chemistry

Immobilization

Tumor marker

Cancer diagnosis

Résumé

Un système est dit robuste s'il est possible de garantir son bon comportement Le cancer est en passe de devenir la première cause de décès dans le monde avec un nombre de cas de cancer qui a pratiquement doublé sur les trente dernières années. Le diagnostic du cancer est d’autant plus important qu’il est maintenant reconnu que, plus la prise en charge du patient est rapide, plus les traitements thérapeutiques sont efficaces. Ce diagnostic doit être précis, fiable, et établi dans les premiers stades de la maladie afin d’augmenter significativement les chances de succès du/des traitements. Les techniques conventionnelles pour le diagnostic du cancer sont essentiellement basées sur des techniques d’imagerie (radiographies, IRM…) associés à des tests cytologiques et biochimiques. Avec le développement récent des technologies de biologie moléculaire (et notamment en protéomique), de nombreux marqueurs tumoraux ont été identifiés et sont utilisés dans des tests d’immunoassay pour le diagnostic voire pronostic du cancer en oncologie clinique. Cependant, le faible taux de marqueurs tumoraux dans le sérum de patient, ainsi que leur grande diversité, sont un challenge important pour l’établissement d’un diagnostic d’autant plus que les techniques de détection souffrent souvent d’un manque de sensibilité et de sélectivité. De plus, du fait de la diversité et de la variabilité des cancers, aucun marqueur tumoral n’est suffisamment spécifique pour permettre un diagnostic précis. Aussi, afin d’augmenter la fiabilité et la précision du diagnostic, il est nécessaire d’utiliser plusieurs marqueurs tumoraux. Dans ce contexte, grâce à leur capacité d’analyse haut débit en parallèle et le faible volume d’échantillon nécessaire, les technologies de puces à protéines (protein microarray)présentent de nombreux avantages pour l’identification de marqueurs tumoraux associés à la réponse humorale. Comme les marqueurs tumoraux sont souvent présents dans les échantillons en très faible quantité (à l’échelle sub micro-molaire), il y a un besoin urgent de développer des puces à protéines avec une détection ultrasensible de marqueurs tumoraux. La spécificité du diagnostic sera fortement liée au choix des protéines que l’on veut détecter(notées protéines cibles) et par conséquent au choix des protéines sondes que l’on va immobiliser sur le support. Un des paramètres critiques dans le développement de puces à protéines sensibles est la chimie de surface qui détermine le mode d’immobilisation de la protéine sonde sur le support et influence son activité biologique et donc sa capacité à reconnaitre et interagir avec la protéine cible que l’on cherche à détecter. Comme de nombreuses études suggèrent qu’un seul biomarqueur n’est pas suffisamment spécifique et sensible, la recherche d’une combinaison pertinente de biomarqueurs est un axe important pour l’amélioration d’un tel diagnostic. L’objectif de ce travail de thèse est donc le développement d’un outil original basé sur la technologie de puces à protéines fonctionnalisées avec différentes chimies de surface pour la détection sensible et spécifique de biomarqueurs tumoraux afin d’améliorer le diagnostic du cancer. Deux types de puces à protéines seront développés pour des applications différentes. Une première puce, avec comme protéines sondes des anticorps, sera développée pour la détection de biomarqueurs tumoraux impliqués dans le cancer colorectal. Une deuxième puce, où les protéines sondes seront des antigènes, sera étudiée en vue de l’identification de réponses autoimmunes de patientes atteintes d’un cancer du sein. [...]

Protein microarrays are becoming powerful tools to screen and identify tumor markers for cancer diagnosis, because of the multiplex detection and minute volume of sample requirement. Due to the diversity and variation in different cancers, no single tumor marker is sensitive and specific enough to meet strict diagnostic criteria. Therefore, a combination of tumor markers is required to increase sensitivity and to establish distinct patterns to increase specificity. To obtain reliable tests, the development of reproducible surface chemistry and immobilization procedure are crucial steps in the elaboration of efficient protein microarrays. In this thesis, 3D micro-structured glass slides were functionalized with various surface chemistries like silane monolayer (amino, epoxy and carboxy), and polymer layers of Jeff amine, chitosan, carboxymethyl dextran (CMD), maleic anhydride-alt-methyl vinyl ether copolymer (MAMVE) for physical adsorption or covalent binding with proteins. Surface characterizations, such as X-ray photoelectron spectroscopy (XPS) and Attenuated total reflectance Fourier transform infrared spectroscopy (ATR-FTIR), confirmed the monolayer/polymer grafting on the glass slides. Colorimetric assay for determining amine density of three aminated surfaces demonstrated that APDMES had more grafting density than Jeffamine and chitosan. Contact angle measurements show that polymer surfaces were more hydrophilic than monolayer surfaces due to the increasing dosages of polar functional groups. Moreover, the parameters such as additives and pH of spotting buffer, probe concentration, blocking procedures etc, were optimized for tumor marker detection. Under the optimized conditions, antibody microarrays were validated with purified tumor antigens. The best analytical performances obtained for each tumor antigen tested were strongly dependent on functionalized surfaces, e.g. MAMVE exhibited best analytical performances for CEA andHsp60 while NHS leads to best results for PDI and CA19-9. Besides, the implemented antibody microarrays were applied to tumor marker detection from colorectal cancer sera. This evaluation shows the interest to combine several tumor markers on the same surface and the combination of tumor markers on their specific surface lead to remarkably increase the positive responses of tested cancer sera (even up to 100 %). A second type of microarrays (tumor-associated antigens - TAA microarrays) was designed to discriminate breast cancer patients from healthy donors through the detection of tumor autoantibodies. This study included a cohort of 29 breast cancer patients’ and 28 healthy donors’ sera. A panel of fiveTAAs (Hsp60, p53, Her2, NY-ESO-1 and Hsp70) immobilized on their respective optimized surface chemistry allowed to specifically detect over 82% of breast cancer patients.