Méthodes de théorie des jeux pour la prédiction de la structure 3D de l'ARN

par Alexis Lamiable

Thèse de doctorat en Informatique

Sous la direction de Dominique Barth.

Soutenue en 2011

à Versailles-St Quentin en Yvelines .


  • Résumé

    L'objectif de cette thèse est la prédiction de la structure tertiaire des molécules d’ARN à partir de leurs séquences. L’approche présentée repose sur l’observation que leur repliement est hiérarchique et modulaire ; elle consiste, dans un premier temps, en l’extraction de ces modules (les hélices et jonctions entre hélices) et en leur classification en familles topologiques puis, dans un second temps, en une étape d’optimisation pour réunir chacun de ces modules autonomes en une molécule repliée sur elle-même et stable. Ce repliement repose sur une approche algorithmique de la théorie des jeux. Nous présentons une modélisation du repliement comme un jeu, une fonction de coût associée, et plusieurs heuristiques de recherche d’équilibre de Nash.

  • Titre traduit

    Game theory methods for the prediction of the 3D structure of RNA molecules


  • Résumé

    This thesis describes a method to predict the tertiary structure of RNA molecules from their sequences. It relies on the observation that their folding is hierarchical and modular; it consists, first, in the extraction of those modules (the helices and junctions between helices) and their classification in topological families, then, in, an optimisation step to combine all those autonomous modules into a folded and stable molecule. This folding relies on an algorithmic approach to game theory. We present a modelisation of the folding process as a game, a cost function associated to that game, and several heuristics to search for Nash equilibrium.

Autre version

Cette thèse a donné lieu à une publication en 2012 par [CCSD] [diffusion/distribution] à Villeurbanne

Méthodes de théorie des jeux pour la prédiction de la structure 3D de l'ARN

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Informations

  • Détails : 1 vol. (147 f.)
  • Annexes : Bibliogr. f. 141-147. Annexes

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