Thèse soutenue

Devenir des populations d'Escherichia coli dans les environnements aquatiques : structure, viabilité et attachement aux particules
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Auteur / Autrice : Mehdy Ratajczak
Direction : Fabienne Petit
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biologie - Ecologie microbienne
Date : Soutenance en 2011
Etablissement(s) : Rouen
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Morphodynamique continentale et côtière (Caen ; 1996-....)

Résumé

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L’objectif de ces travaux de thèse était de suivre le devenir des populations d’Escherichia coli (E. Coli), bactérie indicatrice de pollution fécale, dans des hydrosystèmes contrastées, en fonction de leur structure, viabilité et attachement aux particules. Dans les eaux impactées par une pollution fécale récente, la distribution des E. Coli dans les quatre phylogroups majeures (A, B1, B2 et D), montre que les modifications de la structure des E. Coli dépendent de l’origine humaine ou bovine. En absence de pollution fécale, les E. Coli appartiennent majoritairement au groupe phylogénétique B1, probablement mieux adaptés aux hydrosystèmes. L’étude de la survie en microcosme et des phénotypes impliqués dans la persistance des souches dans l’eau, met en évidence l’existence de sous-populations d’E. Coli. Des souches issues d’une pollution des eaux par l’Homme, résistantes aux amibes, pathogènes, caractérisées par des temps de survie faible. Au contraire, en absence de contamination, des souches sensibles aux antibiotiques, dégradant des macromolécules, se multipliant à 7°C, sont persistantes dans les eaux. Le suivi des populations d’E. Coli sous forme viable non cultivables (VNC) associées aux particules, a permis de montrer à proximité des sources de contamination, la présence permanente de populations sous forme VNC associées aux particules organiques non décantables. Cette proportion varie le long des hydrosystèmes et dépend de la dynamique sédimentaire. Enfin un modèle prédictif combinant des paramètres bactériologiques, hydrologiques et sédimentaires, permettrait de déterminer après une pollution fécale les zones impactées et le temps de résilience du milieu aquatique.