Dynamique de méthylation et d’hydroxyméthylation de l’ADN des enhancers au cours de la différenciation cellulaire in vitro

par Aurélien Sérandour

Thèse de doctorat en Biologie

Sous la direction de Gilles Salbert.

Soutenue en 2011

à Rennes 1 .


  • Résumé

    Le transcriptome et le positionnement cis-tridimensionnel des domaines chromatiniens subissent conjointement des modifications profondes lors de la différenciation et de la reprogrammation cellulaire. Dans les cellules souches embryonnaires, des facteurs de transcription maîtres comme Pou5f1/Oct4, Nanog, Sox2 et Klf4 sont responsables d’un réseau de régulation qui va architecturer une chromatine aux propriétés pluripotentes. Au cours de la différenciation, cette chromatine peut être modifiée de manière spécifique à chaque destinée cellulaire, afin de spécialiser et de restreindre le répertoire de gènes exprimés. Ce processus va notamment mettre en jeu l’activation d’enhancers liés par des facteurs de transcription exprimés de novo. Par des méthodes de cartographies épigénomiques dans différentes lignées cellulaires, nous avons observé que l’ADN des enhancers actifs est hypométhylé et que la différenciation cellulaire in vitro s’accompagne d’une hydroxyméthylation de novo de certains enhancers activés.

  • Titre traduit

    DNA methylation and hydroxymethylation dynamics of enhancers during in vitro cell differentiation


  • Résumé

    Transcriptome and cis-tridimensional positioning of chromatin domains undergo deep modifications during cell differentiation and reprogramming. In embryonic stem cells, master genes such as Pou5f1/Oct4, Nanog, Sox2 and Klf4 are implicated in a regulatory network which builds a pluripotent chromatin. This chromatin can be modified in a cell fate-specific manner during differentiation, allowing specialization and restriction of gene expression patterns. Specific enhancers bound by de novo expressed transcription factors become activated during this process. Using epigenomic mapping technologies in different cell lines, we observed that DNA of active enhancers is hypomethylated and that DNA of activated enhancers can be de novo hydroxymethylated during in vitro cell differentiation.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (153 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. f. 132-151

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  • Bibliothèque : Université de Rennes I. Service commun de la documentation. Section sciences et philosophie.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TA RENNES 2011/74
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