Les communautés bactériennes de biofilms épilithiques dans le continuum du Gave de Pau : dynamique et réponse aux herbicides.

par Marion Vercraene-Eairmal

Thèse de doctorat en Microbiologie

Sous la direction de Robert Duran et de Béatrice Lauga.

Soutenue en 2011

à Pau .


  • Résumé

    Dans le cadre de ce travail de thèse nous nous sommes intéressés à la réponse des communautés bactériennes des biofilms épilithiques du Gave de Pau à la contamination en herbicides. Des expériences en microcosmes ont été réalisées parallèlement à plusieurs campagnes de prélèvements et de transplantation de biofilms épilithiques naturels le long du Gave de Pau sur des sites présentant des niveaux de contamination en différents pesticides. La structure des communautés bactériennes a été étudiée grâce à des techniques de biologie moléculaire (T-RFLP et clonage-séquençage). Le contrôle de la présence et l'estimation de la contamination en pesticides ont été réalisés avec des techniques de prélèvements ponctuels et l'utilisation d'échantillonneurs passifs (PO-CIS). Nos résultats montrent que le Gave de Pau présente en été une contamination en pesticides mais qui ne semble pas excéder les niveaux de pollution moyens des cours d'eau français et qui augmente lors de traitements agricoles printaniers. L'impact des molécules détectées dans le Gave de Pau sur les communautés bactériennes des biofilms épilithiques ne paraît pas plus important que l'impact d'autres facteurs environnementaux. Les expériences en microcosmes indiquent que le diuron pourrait générer chez des biofilms épilithiques préalablement moins exposés le développement de communautés bactériennes plus hétérogènes. Finalement, les capacités de dégradation du diuron par des biofilms épilithiques printaniers du Gave de Pau ont été mises en évidence. Cela n'est pas le cas pour l'isoproturon en hiver.

  • Titre traduit

    Bacterial communities of epilithic biofilms in the Gave de Pau river continuum : dynamics and response to herbicides.


  • Résumé

    The responses of bacterial communities of epilithic biofilms to herbicides were studied in a French river : the Gave de Pau. In parallel with microcosm experiments, several campaigns of sampling and transplantion of natural epilithic biofilms along the Gave de Pau were conducted on sites with various contamination levels. Bacterial community structures were studied through molecular biology techniques (T-RFLP and cloning-sequencing). The presence of pesticides and their contamination levels were monitored through spot analyses and passive samplers (POCIS). Our results showed that the herbicide contamination of the Gave de Pau did not appear to exceed the average pollution levels of French rivers and that the contamination increased during agricultural treatment season (spring). The impact of molecules detected in the Gave de Pau on biofilm bacterial communities did not appear to exceed the impact of other environmental factors. In microcosms experiments, the bacterial communities of epilithic biofilms previously less exposed to diuron were found to be more heterogeneous. Finally, the capacity of degradation of diuron by epilithic biofilms of Gave de Pau was demonstrated during the spring season. In the case of isoproturon this herbicides was not degraded during winter experiment.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (XX-207 p.)
  • Annexes : Bibliographie en fin de chapitres et p.171-186. Annexes

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  • Bibliothèque : Université de Pau et des Pays de l'Adour. Service Commun de la Documentation. Section Sciences.
  • Disponible pour le PEB
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