La recombinaison de l'ADN du Virus de l'hépatite B chez des patients co-infectés par le virus de l'immunodéficience humaine

par Guillaume Fallot

Thèse de doctorat en Biologie et pathologie des épithéliums

Sous la direction de Cyrille Féray et de Didier Samuel.

Soutenue en 2011

à Paris 7 .


  • Résumé

    L'infection chronique par le virus de l'Hépatite B (VHB) est un problème majeur de santé publique mondiale, avec plus de 350 millions de patients chroniquement infectés qui ont un risque accru de décompensation hépatique, de cirrhose et de carcinome hépatocellulaire. La pathogénèse du VHB est complexe et il semble que les variants moléculaires jouent un rôle dans ce processus. La variabilité de l'ADN VHB pendant le suivi des patients n'a presque pas été étudiée. La recombinaison entre différents génotypes VHB a été décrite dans de nombreuses études transversales, mais la fréquence des recombinaisons inter- et intragénotypiques se produisant chez un patients n'est pas connue. Nous avons étudié 32 patients positifs pour le VIH et 11 patients négatifs, pour lesquels persistait une virémie VHB malgré un traitement antiviral d'au moins un an. Le génotypage a été réalisé par hybridation en milieu liquide (INNO-LiPA) et par PCR spécifique du génotype. La variabilité de l'ADN VHB dans le temps a été examinée par l'étude du polymorphisme conformationnel des simples brins et des longueurs des fragments de restriction (RFLP-SSCP). Les séquences d'ADN VHB obtenues par le clonage d'un fragment PCR de 2800 pb ont été analysées pour les paramètres phylogénétiques (diversité et pression de sélection), et la recombinaison a été détectée par la suite de logiciels RDP. De larges fragments d'ADN VHB ont pu être amplifiés à deux temps différents chez 33 patients. Des modifications marquées de la quasiespèce survenaient chez 14 patients. Un fragment de 2800 pb a été cloné et séquencé à au moins deux temps différents chez 7 de ces patients, et chez un patient ne présentant pas de changement détectable par RFLP¬SSCP. Chez 4 (57%) des patients du groupe de 7, nous avons détecté des recombinaisons inter-ou intragénotypiques variées entre des variants de la quasiespèce initiale. Les fragments recombinants hébergeaient pour la plupart des déterminants de la résistance antivirale et reflétaient une augmentation massive de la diversité et de la pression de sélection positive de la quasiespèce totale VHB. Chez les patients co-infectés, les évènements de recombinaison de l'ADN VHB sont fréquents pendant la thérapie antivirale. Ils correspondent à une augmentation de la pression de sélection positive et à la conservation des mutations de résistance aux antiviraux. Dans cette population et à l'échelle individuelle, la recombinaison est une source significative de variabilité génétique du VHB.


  • Résumé

    Hepatitis B virus (HBV) chronic infection remains a challenging global health problem, with more than 350 million people chronically infected and at risk of hepatic decompensation, cirrhosis, and hepatocellular carcinoma. HBV pathogenesis is complex and it appears that molecular variants play a role in this process. The variability of HBV DNA over times has been scarcely studied. Recombination between different HBV genotypes has been described in many cross-sectional studies, but the frequency of inter- and intra-genotypic recombination in individual patients is unknown. We studied 32 HIV-positive and 11 HIV-negative patients who remained HBV viremic on antiviral therapy for at least one year. Genotyping was based on line-probe assays and genotype specific PCR. The variability of HBV DNA over time was examined with restriction-length and single-strand conformational polymorphism (RFLP-SSCP). HBV DNA sequences obtained by cloning a 2800-bp PCR fragment were analyzed for phylogenetic parameters (diversity and selection pressure), and recombination was detected with RDP softwares. Large fragments of HBV DNA could be amplified at two different time points in 33 patients. Marked quasispecies modifications occurred in 14 patients. In 7 of these latter patients and in one patient with no change detectable by SSCP-RFLP, the 2800-bp fragment was cloned at at least two time points. In 4 (57%) of the former 7 patients, we detected various inter- or intra-genotypic recombination events between subvariants present in the initial quasispecies. Recombinant fragments mostly harbored antiviral resistance determinants and reflected a massive increase in diversity and in positive selection pressure on the entire HBV quasispecies. In coinfected patient, HBV DNA recombination events are frequent during antiviral therapy corresponding to increased positive selection pressure on the HBV quasispecies and to conservation of antiviral resistance mutations. In this population and at the individual level, recombination is a significant source of HBV genetic variability.

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  • Détails : 1 vol. (180 f.)
  • Annexes : Réf. Bibliogr. f. 151-179

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  • Cote : TS (2011) 246
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