Transferts horizontaux et émergence de la pathogénicité de Mycobacterium tuberculosis

par Ludovic Mallet

Thèse de doctorat en Analyse de génomes et modélisation moléculaire

Sous la direction de Patrick Deschavanne.

Soutenue en 2011

à Paris 7 .

  • Titre traduit

    Horizontal transfer and the emergence of the pathogenesis of Mycobacterium tuberculosis


  • Pas de résumé disponible.


  • Résumé

    Le sujet principal de cette thèse concerne l'évolution de Mycobacterlum tuberculosis (MT). MT est l'agent responsable de la tuberculose qui est un problème mondial de santé publique compliqué par l'apparition de souches résistantes à quasiment tous les antibiotiques connus ainsi que de souches à la virulence accrue. Piusieurs génomes de mycobactéries et de souches de MT ont été complètement séquences. Les résultats sur l'ensemble des génomes confirment leur plasticité et leur adaptabilité. En particulier, il a été proposé que des transferts horizontaux (HT) étaient à l'origine de l'émergence de l'ancêtre du complexe MT et que certains des opérons transférés contenaient des facteurs de virulence. La compréhension de la relation entre la diversité génétique et la virulence de la tuberculose est une ouverture vers un meilleur diagnostique, l'optimisation du choix du traitement ou le développement de nouveaux médicaments. L'application de méthodes d'analyse de génome, de détection des transferts horizontaux et de génomique comparative développées au sein de notre laboratoire a permis l'étude de 29 génomes séquences permettant de comprendre l'évolution des mycobactéries et d'approfondir les connaissances sur l'émergence de MT et sur son adaptation à l'homme. Il a ainsi été établi que les génomes de l'étude contiennent en moyenne 11,7% d'ADN transféré dont la provenance a été analysée. Nous avons ensuite proposé un scénario d'évolution de ce groupe complexe de bactéries en reconstruisant leur phylogénie et en y replaçant les événements génomiques importants qui ont modelé les génomes de ces espèces. Une attention particulière a été apportée à l'évolution du complexe MT. Parmi les régions transférées, nous avons ciblé les transferts en relation avec la pathogénicité, l'adaptation à l'homme et la variabilité de l'expression de la maladie. Nous avons isolé les gènes acquis par transfert horizontal aux moments clés de l'évolution marquant un changement majeur du style de vie des espèces en aval. Ces gènes sont potentiellement impliqués dans ces changements et pour certains ont été caractérisés comme impliqués dans la pathogénicité ou l'adaptation. Ces candidats seront analysés par des équipes partenaires dans le cadre d'un contrat ANR afin de procéder à une sélection de cibles pour la recherche et le développement de nouveaux traitements. Une partie importante des méthodes de génomique et d'analyse des transferts horizontaux ont été compilées et proposées sur un site internet dédié que nous avons développé et mis à disposition de la communauté scientifique.

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La version de soutenance existe sous forme papier

Informations

  • Détails : 1 vol. (422 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : 189 réf.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2011) 160
  • Bibliothèque : Bibliothèque interuniversitaire de santé (Paris). Pôle pharmacie, biologie et cosmétologie.
  • Non disponible pour le PEB
  • Cote : MFTH 8568
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