Résolution de Contraintes Temporelles pour l'Analyse de Systèmes Biologiques

par Aurélien Rizk

Thèse de doctorat en Informatique

Sous la direction de François Fages.

Soutenue en 2011

à Paris 7 .

  • Titre traduit

    Temporal Constraint Solving for the Analysis of Biological Systems


  • Pas de résumé disponible.


  • Résumé

    La logique temporelle est utilisée avec succès pour formaliser les propriétés de circuits électroniques, de logiciels, et plus récemment de systèmes biologiques. Décrire de manière formelle un modèle biologique mais aussi ses propriétés biologiques ouvre de grandes possibilités de conception d'outils automatisés aidant le modélisateur à concevoir et valider ses modèles. De plus les logiques temporelles procurent un niveau de description adapté aux données biologiques quantitatives incomplètes et imprécises. Cependant l'évaluation booléenne classique de formules de logique temporelle n'est pas adaptée à de nombreux problèmes comme la recherche de paramètres ou l'analyse quantitative de la robustesse. Nous montrons que la résolution de contraintes de logique temporelle permet la définition d'un degré de satisfaction continu de formules de logique temporelle adapté à ces problèmes. En particulier l'utilisation de ce degré de satisfaction continu comme fonction objectif ouvre la voie à l'utilisation de méthodes d'optimisation continues pour chercher de manière efficace des paramètres cinétiques satisfaisant des propriétés biologiques formalisées en logique temporelle. Ainsi après avoir étendu le model-checking en problème de résolution de contraintes de logique temporelles et permis la définition d'un degré de satisfaction continu de formules nous présentons les applications à la biologie des systèmes au travers de la recherche de paramètres, l'analyse de robustesse et l'analyse de sensibilité. Ces méthodes sont enfin évaluées sur plusieurs exemples biologiques.

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La version de soutenance existe sous forme papier

Informations

  • Détails : 1 vol. (107 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : 81 réf.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2011) 063
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