Détermination des sites d'interaction des protéines par spectrométrie de masse MALDI-TOF

Determination of interaction sites of proteins by MALDI-TOF mass spectrometry

• Auteur / Autrice : Gunalini Saravanamuthu
• Direction : Ivo Glynne Gut, Jean-Claude Tabet
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Systèmes Bio-organique/Spectrochimie
• Date : Soutenance en 2011
• Etablissement(s) : Paris 6

Mots clés

Mots clés contrôlés

Hydrolyse

Enzymes

Spectrométrie de masse

Protéomique

Résumé

L’objectif principal de ce travail était l’étude par spectrométrie de masse des propriétés des complexes non covalents désorbés en phase gazeuse et le développement de méthode pour établir les sites d’interactions entre protéines. Pour cela, un complexe non covalent entre la trypsine bovine (T) et son inhibiteur sBBI a été choisi comme modèle dans nos études. Une première approche pour déterminer les sites d’interaction a été abordée. Elle consiste d’une part en l’optimisation de la modification chimique des systèmes étudiés soit isolés soit au sein du complexe non-covalent sous conditions non dénaturantes et d’autre part en la comparaison des produits de digestion de ces protéines par spectrométrie de masse MALDI-TOF. Ainsi l’analyse comparative permet l’identification des zones d’interactions entre les protéines. Pour cela, plusieurs modifications chimiques ont été choisies. Pour préciser les positions des résidus des modifiées, le séquençage de peptides en en MS/MS par MALDI-TOF/TOF a été effectué. Cette approche a permis de déterminer des sites d’interactions entre la trypsine (T) et son inhibiteur sBBI. Dans un second temps, la formation et le comportement du complexe T/sBBI (préparé sous conditions physiologiques) ont été explorés par ESI-MS pour être étendus à d’autres inhibiteurs. L’utilisation de cet outil a montré des changements significatifs de conformation du complexe en phase gazeuse selon l’état de solvatation et l’état de charge, responsables de la migration de Ca2+ de l’enzyme à l’inhibiteur