Context-oriented scientific workflow and its application

par Xiaoliang Fan

Thèse de doctorat en Informatique

Sous la direction de Patrick Brézillon, Lian Li et de Ruisheng Zhang.

Soutenue en 2011

à Paris 6 en cotutelle avec Lanzhou university .

  • Titre traduit

    Worflows scientifiques basés sur le contexte : application en biologie


  • Pas de résumé disponible.


  • Résumé

    Le manque de flexibilité réduit fortement l’usage que l’on peut faire des systèmes de workflow scientifiques (SWF) dans la transformation d’hypothèse en découverts scientifiques. Malgré une vue de plus en plus large pour s’attaquer au problème du manque de flexibilité des systèmes de SWF, il n’existe pas de réelle méthodologie pour modéliser cette flexibilité de systèmes de SWF dans une représentation uniforme afin de pouvoir la prendre en compte effectivement d’une manière inte��grée pour aider les scientifiques dans leur prise de décision. De plus, les systèmes de SWF existant reposent sur les données et informations disponibles, mais en l’absence d’un processus d’apprentissage centrée sur l’utilisateur afin de pouvoir capturer les demandes particulières des utilisateurs dans une situation particulière. L'objectif principal de la thèse est d'étudier un formalisme uniforme pour la modélisation de SWF, ce qui pourrait représenter les connaissances scientifiques, de raisonnement et de l'information contextuelle dans un point de vue global. Une réelle utilisation de SWF demande l’introduction du concept de <<contexte>>. En effet, les échecs actuels sont attribués à l’absence d’explicitation du contexte dans SWF, l’insuffisance dans la prise de décisions adaptatives, le mécanisme de partage incomplète SWF. Pour résoudre ces problèmes, nous proposons un cadre contextuel orientée pour Workflow scientifique (CoF4SWF) pour rendre explicite par des contextes graphes contextuels dans SWF cycle de vie. Nous mettons en ?uvre une méthodologie CoF4SWF par un prototype fonctionnel appelé contexte orienté SWF (CxSWF). Par ailleurs, le prototype a été CxSWF témoigné grace dans le domaine du ?virtual screening? appliqué au virus H5N1. Enfin, les résultats du processus de double évaluation a démontré que les hypothèses initiales de l’application a été atteint en principe. Les principales contributions de la thèse portent sur: (i) une méthodologie orientée contexte pour étudier la modélisation SWF; (ii) l’identification de trois approches pour rendre explicite le contexte dans la modélisation SWF; (iii) l’enquête sur le role des graphes contextuels dans SWF modélisation. Ce travail a permis de: (1) Représenter et modéliser la flexibilité des SWF dans leur contexte pour permettre une adaptabilité de la prise de décision dans les workflow scientifiques, (2) Faire du contexte le statut des connaissances dans un entrepot de SWF pour l’apprentissage de pratiques, et (3) Partager le SWF et leur contexte d’exploitation comme complément d’une découverte scientifique.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (XIV-199 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 175-190. [156] réf. bibliogr.

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  • Cote : T Paris 6 2011 488
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