Etude de la protéine partiellement désordonnée Engrailed 2 par RMN et nouvelles méthodes pour la mesure de coefficients de diffusion et l'attribution des signaux des chaines latérales de protéine

par Rafal Augustyniak

Thèse de doctorat en Chimie Biophysique

Sous la direction de Geoffrey Bodenhausen.

Soutenue en 2011

à Paris 6 .


  • Résumé

    Dans cette thèse, nous présentons les applications de techniques de la RMN bien établies ainsi que le développement de nouvelles méthodes. Tout d'abord, nous étudions un fragment de l'homéoprotéine Engrailed 2 qui comprend un domaine globulaire, l’homéodomaine, et son extension N-terminale intrinsèquement désordonnée. Après avoir présenté le protocole d'expression et de purification de la protéine recombinante, l'attribution des signaux RMN est présentée en détail. Les déplacements chimiques ont fourni des informations sur le repliement partiel des régions en dehors de l’homéodomaine. Les mesures des vitesses de relaxation de l’azote 15 nous ont permis d’identifier des fragments ayant une mobilité restreinte, qui comprennent des sites d'interaction protéine-protéine et de phosphorylation d’Engrailed 2. Les interactions à longue distance entre l'homéodomaine et son extension N-terminale ont été caractérisées par l'insertion d’une sonde paramagnétique sur le résidu Cys175. Dans la partie méthodologique de ce travail, nous avons proposé de nouvelles expériences pour mesurer les coefficients de diffusion translationnelle de biomolécules. Ces expériences rapides et plus sensibles peuvent être utilisées, entre autres, pour contrôler la stabilité d’échantillons RMN de protéines, ce qui a été démontré sur Engrailed. Enfin, nous avons développé une stratégie pour effectuer l'attribution stéréospécifique des protons méthylènes dans des protéines partiellement deutérées à partir de nouvelles expériences NOESY. L'impact de cette attribution sur la qualité des structures 3D obtenues à partir de nos données est illustré sur la calbindine D9k.

  • Titre traduit

    NMR studies of the partially disordered protein Engrailed 2 and new NMR methods for diffusion measurements and protein sidechain assignments


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Informations

  • Détails : 1 vol. (141 p.)
  • Annexes : Bibliogr. en fin de chapitres. 222 réf. bibliogr.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Pierre et Marie Curie. Bibliothèque Universitaire Pierre et Marie Curie. Section Biologie-Chimie-Physique Recherche.
  • Consultable sur place dans l'établissement demandeur
  • Cote : T Paris 6 2011 436
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