Développement d'une plateforme informatique hétérogène appliquée à la pharmacognosie

par Sylvain Blondeau

Thèse de doctorat en Chimie informatique et théorique

Sous la direction de Luc Morin-Allory.

Soutenue le 04-02-2011

à Orléans , dans le cadre de Ecole doctorale Sciences et technologies (Orléans) , en partenariat avec Institut de chimie organique et analytique (Orléans) (laboratoire) .

Le président du jury était Bruno Villoutreix.

Le jury était composé de Luc Morin-Allory, Bruno Villoutreix, Jean-Marc Nuzillard, Philippe Jauffret, Philippe Bernard.

Les rapporteurs étaient Jean-Marc Nuzillard, Philippe Jauffret.


  • Résumé

    La pharmacognosie, science multidisciplinaire étudiant les produits naturels, n'a eu de cesse de s'adapter et d'évoluer parallèlement aux autres disciplines, en particulier les techniques d'analyse chimique et les technologies de l'information. De nouvelles approches complémentaires, comme la pharmacognosie inverse allant des molécules vers les organismes sources, un cheminement en sens inverse de la pharmacognosie, ont été développées. Les données nécessaires à ces études n'ont jamais été aussi nombreuses et hétérogènes. Molécules, activités, cibles, organismes sources et leurs usages traditionnels, sont autant d'informations essentielles à la pharmacognosie. Le but de cette thèse a été de développer une plateforme informatique, regroupant toutes ces informations diverses au sein d'une vaste base de données, accompagnée d'une interface web dédiée et d'outils de chémoinformatique et de fouille de données. Parallèlement, un enrichissement constant de cette base a été réalisé. Cette plateforme permet de rechercher et de consulter les informations, mais également de les croiser afin d'en faire émerger de nouvelles connaissances. Réellement optimisée pour la pharmacognosie, elle simplifie et améliore l'étude des produits naturels en permettant une approche sur de multiples niveaux (ethnopharmacologie, botanique, chimie), offrant de nouvelles possibilités d'interaction entre les données de ces différents domaines comme l'organism hopping (sauts entre organismes), une approche originale de comparaison des organismes selon leurs profils chimiques.

  • Titre traduit

    Development of a heterogeneous information platform dedicated to pharmacognosy


  • Résumé

    Pharmacognosy, a multidisciplinary science which studies natural products, has greatly evolved in parallel with other disciplines particularly analytical chemistry and information technologies. New complementary approaches like reverse pharmacognosy, from molecules to source organisms (in contrary of pharmacognosy), have been developed. Data necessary for these studies are overwhelming and heterogeneous. Molecules, activities, targets, organisms, traditional uses, are some of essential information for pharmacognosy. The main goal of this thesis was to develop an information platform, including a large database, to collect the diverse data, along with a specific web interface and also mining and cheminformatics tools. A constant enrichment of this database has also been realized. This platform allows to query and browse data, but also to cross them in order to discover new knowledge. Truely optimised for pharmacognosy, it makes easier and enhances the study of natural products, due to a multi-level approach (ethnopharmacology, botany, chemistry). It offers new possibilities of interaction between data from different domains, such as organism hopping, a new concept of organism comparisons according to their chemical profiles.

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