Étude et conception in silico d'amorces PCR pour l'identification des principaux pathogènes bactériens

par Julien Gardès

Thèse de doctorat en Immunologie et microbiologie

Sous la direction de Richard Christen.

Soutenue en 2011

à Nice .


  • Résumé

    La détection d’organismes pathogènes est une priorité de la recherche médicale. Depuis les années 2000, cette discipline subit une transition technologique : les méthodes moléculaires (e. G. La PCR), plus rapides et plus précises, sont en train de remplacer progressivement les méthodes traditionnelles de cultures cellulaires et de tests biochimiques. Néanmoins, la sensibilité et la spécificité de la PCR sont tributaires de la bonne conception des amorces. On admet généralement que ces amorces sont bonnes si leur température d’hybridation est supérieure à 55°C, qu’elles sont spécifiques du gène et de l’espèce cibles, et qu’elles s'hybrident à tous les allèles connus du gène. Au cours de ma thèse, nous avons réalisé une procédure semi-automatique pour collecter toutes les séquences d’un gène pour une espèce, les informations des différentes bases de données, la littérature et toutes les amorces publiées. Puis l’efficacité de chaque amorce a été estimée en vérifiant leur spécificité, leur sensibilité et leurs caractéristiques thermodynamiques. Ce pipeline a été appliqué à tous les gènes annotés de plusieurs organismes d’intérêt biodéfense. Les résultats ont été organisés sous la forme d’une site internet : http://patho-genes. Org, afin de fournir un système clef en main pour les biologistes désirant développer des tests de détection moléculaire pour ces espèces. En outre, nos travaux ont permis de montrer pour les gènes de virulence de Vibrio cholerae que seulement un tiers des amorces publiées sont "bonnes" selon les critères mentionnés précédemment, et que la date de publication et le nombre de citations d’une amorce ne sont pas des facteurs permettant d'estimer leur qualité.

  • Titre traduit

    Study and in silico design of PCR primers to identify major pathogenic bacteria


  • Résumé

    The detection of pathogens is a priority for medical research. Since 2000, the discipline underwent a technological transition: molecular methods (e. G. PCR), faster and more accurate, are gradually replacing the traditional methods of cell culture and biochemical tests. However, the sensitivity and the specificity of PCR are dependent on the good design of primers. It is generally accepted that these primers are good if the annealing temperature exceeds 55 °C, they are specific to the target gene and species, and they hybridize to all known alleles of the gene. During my PhD, we performed a semi-automatic procedure to collect every sequence of a gene for a species, information from different public databases, literature and every published primer. Then the efficiency of each primer was estimated by checking their specificity, their sensitivity and their thermodynamic characteristics. This pipeline was applied to every annotated gene of several organisms of biodefense interest. The results were organized in the form of a website: www. Pathogenes. Org, to provide a turnkey system for biologists wishing to develop molecular tests for these species. In addition, our work showed for the virulence genes of Vibrio cholerae that only one third of published primers are "good" according to the criteria mentioned above, and the date of publication and citation counts of a primer are not factors permitting to estimate their quality.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (119 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 41-46. Résumés en français et en anglais

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  • Bibliothèque : Université Nice Sophia Antipolis. Service commun de la documentation. Section Sciences.
  • Non disponible pour le PEB
  • Cote : 11NICE4061
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