Caractérisation des altérations génomiques dans les cancers du sein et identification de L3MBTL4 commeTSG potentiel du 18p.

par Lynda Addou Klouche

Thèse de doctorat en Oncologie

Sous la direction de Max Chaffanet et de Soraya Moulessehoul.

Le président du jury était Abdennacer Tou.

Le jury était composé de Max Chaffanet, Soraya Moulessehoul, Abdennacer Tou, Stanislas Du Manoir, Fatima El Kebir, Marc Lopez.

Les rapporteurs étaient Stanislas Du Manoir, Fatima El Kebir.


  • Résumé

    Le cancer du sein est une maladie complexe et hétérogène. La classification histo-clinique connait des limites et doit donc évoluer pour une meilleure prise en charge des patientes. Depuis près de 10 ans, une nouvelle taxonomie moléculaire basée sur la similitude d’expression génique permet de classer les cancers du sein en plusieurs sous-types moléculaires distinguant des classes tumorales de phénotypes et d’évolutions cliniques différents. L’amélioration de l’approche moléculaire en complément de la classification conventionnelle devrait avoir un impact considérable sur la prise en charge des Patientes. Il a déjà été montré que la caractérisation d’altérations génomiques telles que les amplifications d’oncogènes et les pertes de gènes suppresseurs de tumeurs (TSG) combinée aux données d’expression permettaient d’identifier des gènes candidats (oncogènes et TSG). Certains sont considérés comme marqueurs au diagnostique et/ou pronostique spécifiques de sous-types moléculaires ou d’entités cliniques et peuvent constituer de futures cibles thérapeutiques potentielles. De plus, l’identification de ces altérations récurrentes améliore notre compréhension des mécanismes biologiques impliqués. Ainsi, les analyses moléculaires à haut débit du cancer du sein ont déjà révélé une partie de leur potentiel. Cependant, malgré la promesse des signatures pronostiques déjà décrites, nous manquons de données moléculaires dans certaines entités cliniques et sous-types moléculaires à phénotype particulièrement agressif. Dans cette thèse, nous nous sommes intéressés aux cancers du sein de sous-type moléculaire luminal B dont l’évolution clinique est particulièrement péjorative et pour lesquels aucune thérapie ciblée n’existe. Mieux comprendre ces cancers permettrait peut-être de mieux les traiter. Ainsi dans cette thèse vous sont présentés (i) le gène candidat L3MBTL4, cible de multiples altérations génomiques (perte, mutation, point de cassure) suggérant son implication comme TSG potentiel dans les cancers du sein. (ii) l’existence de quatorze TSG potentiels du chromosome 18p qui pourraient expliquer le phénotype agressif associé à la perte du 18p dans les cancers du sein.(iii) l’analyse intégrée des données génomiques et d’expression des carcinomes mammaires et l’identification de gènes candidats spécifiques du sous-type moléculaire luminal B.


  • Résumé

    Breast cancer is a complex and heterogeneous disease. Histoclinical classification has limitations and must evolve to better care for patients. For nearly 10 years, a new molecular taxonomy based on similarity of gene expression used to classify breast cancers into several molecular subtypes distinguished tumor classes with different phenotypes and clinical courses. Improved molecular approach complementary to conventional classification should have a considerable impact on patients care. It has already been shown that the characterization of genomic alterations such as amplification of oncogenes and loss of tumor suppressor genes (TSG) combined with expression data allow to identify candidate genes (oncogenes and TSG). Some are considered as diagnostic and / or prognostic markers specific of molecular subtypes or clinical entities and may constitute future therapeutic targets. Furthermore, identification of these recurrent alterations improves our understanding of biological mechanisms involved.Thus, high throughput molecular analyses of breast cancer have revealed some of their potential. However, despite the promise of prognostic signatures already described, we lack molecular data in certain clinical entities and molecular subtypes with a particularly aggressive phenotype.In this thesis, we focused on luminal B breast cancer molecular subtype whose clinical course is particularly pejorative and for which no targeted therapy exists. Better understanding of these cancers might help them better deal.Thus in this thesis are presented: (i) the candidate gene L3MBTL4, target by multiple genomic alterations (loss, mutation, break-point), suggesting its involvement as a potential TSG in breast cancer.(ii) the existence of fourteen chromosome 18p potential TSG that could explain the aggressive phenotype associated with 18p loss in breast cancers.(iii) the integrated analysis of genomic and expression data of mammary carcinoma and the identification of specific luminal B molecular subtype candidate genes.


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