Identification de locus impliqués dans la qualité du maïs enlisage : méta-analyse de GTL et génétique d'association

par Marion Truntzler

Thèse de doctorat en Sciences agronomiques et forestières

Sous la direction de Alain Charcosset.

Soutenue en 2011

à l'AgroParisTech .

    mots clés mots clés


  • Résumé

    L’objectif de cette thèse était la mise en place de deux approches complémentaires. En premier lieu, une méta-analyse de QTL a été réalisée à partir des études publiées dans la littérature et d’études deQTL internes à Syngenta, afin de définir de façon plus précise les régions chromosomiques impliquées dans les caractères liés à la digestibilité. La cartographie physique et génétique du maïs ont été utilisés pour identifier et positionner les gènes candidates impliqués dans la qualité de l’ensilage et de tester leurs colocalisations avec les métaQTL. Au total, 37 et 57 métaQTL ont été identifiés pour les caractères de digestibilité et parois respectivement et les gènes candidats colocalisaient significativement avec les intervalles de confiance des métaQTL. Dans un second temps, une étude de génétique d’association a été réalisée dans les régions mise en évidence par la méta-analyse. Le panel utilisé est composé de 314 lignées représentant le germplasm denté et inclut des lignées publiques mais aussi des lignées du matériel élite de Syngenta. Plus de 100 amplicons ont été séquencés et analysés dans les régions d’intérêt puis testés pour leur association avec les caractères de digestibilité. Les associations entre la floraison et les séquences étudiées par Ducrocq et al. (2008) dans la région Vgt1 ont également été étudiés pour évaluer les propriétés de ce panel par rapport aux panels précédemment étudiés dans la littérature et comparer les différents logiciels utilisés en génétique d’association. Nos résultats ont confirmé l’effet de la région Vgt1 sur la précocité de floraison. Neuf associations significatives ont été mises en évidence pour la digestibilité des parois

  • Titre traduit

    Identification of loci involved in the quality of silage corn : QTL meta-analysis and association mapping


  • Résumé

    Quality of silage corn is a trait of major interest for corn breeding in Europe. In order to increase breeding efficiency, it is important to locate precisely the loci (QTL) involved in the variation of this trait and to identify those that carry favorable alleles at these QTL. The goal of this PhD was to carry out two complementary approaches. First, a meta-analysis was performed on the QTL detected in previous studies issued from publications and Syngenta, in order to refine the chromosomal regions involved in traits related to digestibility. Maize physical map and sequence data were used to identify and position candidate genes for silage quality, and to test their colocalization with metaQTL. A total of 37 and 54 metaQTL were found for digestibility and cell wall respectively and the candidate genes colocalized significantly with the metaQTL confidence intervals. Secondly, association mapping was performed on the regions identified through meta-analysis. The panel used for the association tests was composed of 314 inbred lines representing dent European and American germplasm, including public inbred lines and elite material of Syngenta. More than 100 amplicons were analysed in the regions of interest over the whole panel and tested for their association with digestibility traits. Association between flowering time and sequences studied by Ducrocq et al. (2008) at the Vgt1 QTL region were also investigated to evaluate the properties of this panel relative to the ones previously published and to compare different association mapping software. Our results confirm the effect of the Vgt1 region. Nine significant associations were found for digestibility related traits

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Informations

  • Détails : 1 vol. (219 p.)
  • Notes : Thèse confidentielle jusqu’en 2016
  • Annexes : Bibliographie : 219 réf.

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