Identification des potentialités fonctionnelles dans les génomes procaryotes : application au sous-système de détoxication des radicaux libres de l’oxygène et de l’azote

par David Thybert

Thèse de doctorat en Biologie

Sous la direction de Frédérique Barloy-Hubler.

Soutenue en 2010

à Rennes 1 .


  • Résumé

    Fin de résoudre les problèmes d’ambigüité et d’hétérogénéité de l’annotation des génomes procaryotes, incompatibles avec des études de génomiques comparatives, ces travaux de thèse ont eu pour objet de développer une nouvelle stratégie d’annotation fonctionnelle des génomes procaryotes, basée sur la notion de sous-système et d’annotation par ancrage. En prenant comme exemple le sous-système des enzymes de détoxication des ROS/RNS (SEDRR), cette stratégie a été implémentée au sein d’une nouvelle plateforme d’annotation et d’analyse des enzymes du SEDRR appelée OxyGene. Cette plateforme permet de fournir une annotation fonctionnelle précise, non ambigüe et homogène. Une étude de génomique comparative a ensuite permis de mettre en relation la composition du SEDRR et le type d’environnement rencontré par les organismes dont le génome a été séquencé. Enfin, nous avons enrichi l’annotation fonctionnelle avec la localisation sub-cellulaire des enzymes du SEDRR en intégrant des résultats consensus de prédictions de la localisation sub-cellulaire.

  • Titre traduit

    Identification of functional potentialities in prokaryotic genomes : application to the detoxification subsystem of radical oxygen and nitrogen species


  • Résumé

    The ambiguity and heterogeneity of the initial prokaryotic genome annotation are not compatible with genomic comparative studies. In order to solve these problems, we developed a new functional annotation strategy for prokaryotic genomes, based on sub-systems and anchor-driven annotation. By taking as model the ROS and RNS detoxification sub-system (RRDS), we have implemented this new annotation strategy in an annotation and analysis platform called OxyGene. The latter provides a precise, unambiguous and homogeneous annotation of the RRDS genes. A second part of this work focused on a genomic comparative analysis that lead to relate the sub-system composition with the environment met by the organisms whose genome is completely sequenced. Finally, we enriched the functional annotation of RRDS genes with the integration of consensus of sub-cellular localisation predictions.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (174 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. p. 140-156

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université de Rennes I. Service commun de la documentation. Section sciences et philosophie.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TA RENNES 2010/79
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