Establishment of Highly Sensitive Monitoring System of Causative Agents in Acute Respiratory Infection in Children and Emergence of New Variants and of Epidemics in Shanghai, China

par Wei Wang

Thèse de doctorat en Microbiologie et virologie

Sous la direction de Vincent Deubel.

Soutenue en 2010

à Paris 7 .

  • Titre traduit

    Mise en place du système de surveillance ultrasensible des pathogènes des infections respiratoires aiguës chez les enfants et d'émergence de nouvelles variantes virales et des épidémies à Shanghai, Chine


  • Résumé

    Les infections aiguës des voies respiratoire inférieures (ALRI) sont un problème persistant et dominant de santé publique. De nombreux virus peuvent causer une ALRI, y compris le virus respiratoire syncitial, le virus de la grippe, le virus parainfluenza, le rhinovirus, l'enterovirus, l'adénovirus et le coronavirus. Depuis l'épidémie de SRAS en 2004 et les épidémies récentes de grippe aviaire H5N1 hautement pathogène, la transmission des virus zoonotiques à l'homme pose un problème majeur de santé publique, car les contacts rapprochés entre l'animal et l'homme ou entre les hommes faciliteraient le réassortiment et la recombinaison entre les virus pour générer des nouveaux virus qui pourraient passer la barrière d'espèce. L'introduction de ces nouveaux virus dans la population immunologiquement naïve pourrait être à l'origine d'épidémies ou de pandémies. . Par ailleurs, de nouveaux virus comme le métapneumovirus humain, les coronavirus humains NL63 et HKU1, et le bocavirus humain, ont été identifiés grâce au développement des nouvelles techniques moléculaires. Toutes ces approches ont changé le profil étiologique des ALRI. Pour mieux identifier les causes d'épidémies, il est nécessaire de surveiller la distribution et l'évolution génétique des virus respiratoires. L'objectif de ce travail a été dicté en priorité par la nécessité de développer des méthodes rapides, spécifiques et sensibles de diagnostic pouvant détecter non seulement des pathogènes viraux importants mais également de nombreuses co-infections virales. Les objectifs de ce travail étaient de développer différentes techniques moléculaires multiplexées et de mettre en place une plateforme de diagnostic des virus respiratoires. La stratégie a été de développer de nouvelles techniques en rapport avec les types de virus à détecter: (1) virus prioritaires comme la grippe aviaire H5N1 ou le virus pandémique SOI-H1N1v, détectés par RT-PCR en temps réel et multiplexée; (2) virus à haute prévalence de circulation dans la population possédant une diversité génétique élevée, détectés par RT-PCR multiplexée ; virus rares et émergents, détectés et étudiés par micropuce ADN et séquençage à haut-débit.


  • Résumé

    Acute respiratory infections (ARIs) are one persistent and Worldwide problem to public health and the leading cause of morbidity and mortality in developing countries. In China, nearly 21 million cases occur every year [1]. Numerous viruses can cause ALRI, including respiratory syncitial virus, influenza virus, parainfluenza virus, rhinovirus, adenovirus and coronavirus [2-12]. Since the outbreak of SARS in 2004 and the recent epidemics of highly pathogenic avian influenza H5N1 virus in China [13-15] as well as in other countries of Southeast Asia, the transmission of zoonotic viruses from animals to human has become a big concern to public health because the increasing close contacts of animal-human and human-human would largely facilitate the reassortment and recombination of viruses to generate new viruses which could cross the species barrier. The introduction of new viruses to immune naïve population would cause epidemics or pandemics. Meanwhile, new viruses like human metapneumovirus, human coronaviruses NL63 and HKU1, and human bocavirus, were identified as the result of development of new molecular techniques. All these approaches have largely changed the etiological profile in ARI. To better react in case of epidemics, it is necessary to monitor the distribution and the genetic evolution of respiratory viruses. Sustained global surveillance project was required to improve the capacity in many developing countries to detect endemic, epidemic and newly emerging respiratory pathogens [16]. To set up such project, reliable and standardized diagnostic methods were requested. With sequencing and phylogenetic analysis, the project could identify a wide variety of agents, to differentiate highly pathogenic viruses from less virulent seasonal respiratory viruses and to identify new emerging viruses. Meanwhile, the epidemiological and etiological profile of ARI should be thoroughly studied to describe the background and set up a baseline for epidemic alert. In 2006, the project "Surveillance and Investigation of Endemic Situations in South-East Asia (SISEA)" was implemented (http://www. Hku. Hk/respari/research_07. Htm), which supported my PhD work. Shanghai, as the biggest metropolis of China, is an important center for population migration and with distinct four seasons including very cold winter.

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Informations

  • Détails : 1 vol. ([164 p.])
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : 239 réf.

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  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2010) 248
  • Bibliothèque : Bibliothèque interuniversitaire de santé (Paris). Pôle pharmacie, biologie et cosmétologie.
  • Non disponible pour le PEB
  • Cote : MFTH 9081
  • Bibliothèque : Institut Pasteur (Paris). Centre de Ressources en Information Scientifique (CeRIS) - Bibliothèque.
  • Non disponible pour le PEB
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