Impact des processus de mutation et de recombinaison sur la diversité génomique au sein de l'espèce Escherichia coli

par Claire Hoede

Thèse de doctorat en Génétique

Sous la direction de Erick Denamur et de Olivier Tenaillon.

Soutenue en 2010

à Paris 7 .

  • Titre traduit

    Mutation and recombination impact on the genomic diversity in Escherichia coli species


  • Pas de résumé disponible.


  • Résumé

    Escherichia coli constitue la majeure partie de la flore microbienne commensale aéro-anaérobie du tube digestif de l'hôte. Pourtant K coli est aussi une des espèces les plus fréquemment rencontrées en pathologie humaine et animale. C'est l'une des espèces bactériennes les plus étudiées et les plus connues. L'évolution des génomes au sein de l’espèce repose sur deux mécanismes distincts : la mutation et la recombinaison, qui génèrent une diversité génétique sur laquelle la sélection naturelle peut opéra*. Dans notre travail, nous nous sommes intéressés à ces processus et aux traces qu'ils laissent dans les génomes. Nous avons, en premier lieu, décrit une forme de mutabilité variable le long du génome car liée à l'existence de structure secondaire locale de l'ADN : la mutabilité transcriptionnelle. Nous avons pu d'une part quantifier cette mutagenèse et d'autre part révéler une réponse sélective au sein du génome pour en limiter les effets. La recombinaison, quant à elle, est connue pour brouiller le signal phylogénétique de manière importante. En second lieu, nous avons montré par une approche de génomique comparative que, malgré un taux relativement élevé de recombinaison, rétablissement d'une phylogénie robuste était possible. De plus, nous avons mis en évidence que les nombreuses acquisitions et pertes de gênes dans le génome des différentes souches d*E. Coli se situaient préférentiellement à certains sites. Enfin, nous avons utilisé la structure phylogénétique de l’espèce à des applications taxonomiques et épidémiologiques.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (175 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : 147 Réf.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2010) 208
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