Analyse bioinformatique des voies de progression du cancer de la vessie

par Eric Letouzé

Thèse de doctorat en Analyse de génomes et modélisation moléculaire

Sous la direction de Frédéric Guyon.

Soutenue en 2010

à Paris 7 .

  • Titre traduit

    Bioinformatic analysis of bladder cancer progression pathways


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  • Résumé

    Comprendre la série d'altérations qui sous-tend le développement du cancer est important, pour déterminer les gènes impliqués dans les étapes cruciales de cette progression, pouvoir mieux prédire le pronostic de chaque patient, et déterminer le traitement le plus approprié à chaque cas. Les aberrations chromosomiques, en modifiant le nombre de copies, donc le niveau d'expression des gènes, jouent ainsi un rôle actif dans la tumorigenèse. Des outils récents, les puces CGH et les puces SNP, permettent la détection pangénomique de ces altérations. Dans ce manuscript, j'ai tenté de reconstituer la séquence d'aberrations chromosomiques au cours du développement du cancer de la vessie, en suivant 3 approches. Premièrement, j'ai utilisé les techniques existantes pour extraire des motifs généraux d'aberrations chromosomiques à partir des profils CGH au sein d'un jeu de données de 78 tumeurs de vessie indépendantes. J'ai ensuite proposé un algorithme, TuMult, pour reconstruire automatiquement la filiation des tumeurs, et la séquence d'aberrations chromosomiques au cours du cancer, à partir de l'analyse de plusieurs échantillons d'un même patient. Appliqué à des données réelles de cancers de vessie, de sein, et de cancers de la prostate métastasés, TuMult a permis d'obtenir des résultats intéressants sur l'ordre d'apparition des événements au sein de chaque cancer et les événements clés de la progression tumorale. Finalement, j'ai évalué la possibilité d'utiliser l'hétérogénéité intra-tumorale pour reconstruire la séquence des événements à l'origine d'un cancer en analysant plusieurs prélèvements au sein d'une même tumeur.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (171 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : 274 Réf.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2010) 151
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