Signatures génomiques d'adaptation écologique chez les Bacteria et Archaea

par Sara Manuel Araujo Vieira Da Silva

Thèse de doctorat en Génomique

Sous la direction de Eduardo Rocha.

Soutenue en 2010

à Paris 6 .


  • Résumé

    L’équilibre entre les biais de mutation et de sélection sur les génomes procaryotes engendrent parfois des signatures qui peuvent être corrélées à l’adaptation environnementale. L’étude de ces signatures a été abordée par l’analyse comparative de génomes dans leur contexte phylogénétique. Premièrement, nous avons analysé le rôle de l’oxygène sur l’évolution des séquences codantes. Ceci a aboutit à la réfutation statistique de quasiment toutes les hypothèses proposant que l’oxygène soit une ressource limitant la synthèse protéique et que le stress oxydatif amène à l'exclusion des acides aminés oxydables chez les aérobes. Nous en concluons que les réponses au stress oxydatif sont suffisantes pour effacer la plupart des différences compositionnelles attendues entre aérobes et anaérobes. Deuxièmement, nous avons caractérisé les signatures d’adaptation à la croissance rapide chez les bactéries et les archées. La signature la plus forte: le biais d’utilisation de codons dans les gènes fortement exprimés, permet d’inférer les taux maximum de croissance. Ce prédicteur a été appliqué sur différents métagénomes de manière à caractériser les communautés occupant différents milieux et à différentes étapes de succession écologique. Finalement, nous avons abordé l’identification des conséquences différentielles de l’adaptation à la croissance rapide dans l’évolution des gènes en fonction de leur taux d’expression. Ce sujet, à l’interface entre la génomique évolutive, l’écologie microbienne et la bioinformatique, montre que les signatures génomiques peuvent aider à élucider la relation entre les paramètres écologiques et les propriétés physiologiques associées à leur adaptation

  • Titre traduit

    Genomic imprints of ecological adaptation in Bacteria and Archaea


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Informations

  • Détails : 1 vol. (252 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 185-202. 429 réf. bibliogr.

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  • Bibliothèque : Université Pierre et Marie Curie. Bibliothèque Universitaire Pierre et Marie Curie. Section Biologie-Chimie-Physique Recherche.
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  • Cote : T Paris 6 2010 345
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