Génomique intégrative du coactivateur transcriptionnel PRC

par Solenne Carat

Thèse de doctorat en Médecine. Sciences de la vie et de la santé. Recherche clinique, innovation technologique, santé publique

Sous la direction de Rémi Houlgatte et de Jérémie Bourdon.


  • Résumé

    L’avènement ces dernières années de technologies à haut débit comme les puces à ADN et plus récemment le « séquençage nouvelle génération » permet maintenant une analyse exhaustive du génome à différents niveaux de régulation parmi lesquels la mesure de l’expression de l’ensemble des gènes d’une cellule, les interactions ADN - facteurs de transcription, ou encore la méthylation de l’ADN. Il devient alors indispensable d’intégrer ces différentes données afin de pouvoir comprendre puis modéliser tous les mécanismes mis en jeu pour le fonctionnement global d’une cellule. Cette compréhension permettra alors de mieux appréhender les sources de dérégulation à l’origine de nombreuses pathologies. L’objectif de mon travail de thèse est de comprendre l’impact du coactivateur transcriptionnel PRC (PGC-1 Related Coactivator) sur la coordination de la prolifération mitochondriale et cellulaire, à partir de cellules de la lignée tumorale humaine XTC. UC1, riche en mitochondries. Pour cela, PRC et les facteurs de transcription ERRa, NRF1, GABP, CREB et YY1 impliqués dans ces deux processus ont été étudiés par ChIP-chip. Les gènes positifs pour ces différents facteurs sont alors comparés au transcriptome des mêmes cellules sous l’effet d’un siRNA PRC. L’intégration de ces différentes données de transcriptome et de ChIP-chip, couplées à des études de découverte de motifs, permettra ainsi de construire des réseaux de régulation transcriptionnelle nécessaires à la compréhension des voies d’action de PRC. Ces réseaux rendront possible la détection de cibles thérapeutiques permettant de corriger un état pathologique.

  • Titre traduit

    Integrative genomics of transcriptional coactivator PRC


  • Résumé

    Emergence over the last few years of high throughput technologies like DNA microarray and more recently next generation sequencing now allows an exhaustive analysis of genome with several regulation levels including expression measure of all cell genes, DNA – transcription factors interactions, and also DNA methylation. It thus becomes indispensable to integrate these different data to be able to understand and then to model all these mechanisms involved in global cell function. This understanding will then enable to apprehend the sources of deregulation involved in many pathologies. The goal of my PhD is to understand the impact of PRC (PGC-1 Related Coactivator) transcriptional coactivator on the coordination of mitochondrial and cellular proliferation, from human tumor cell line XTC. UC1, rich in mitochondria. To do so, PRC and transcription factors ERRa, NRF1, GABP, CREB and YY1 involved in these two processes have been studied with ChIP-chip. Positive genes for these transcription factors are then compared with transcriptome of the same cells under siRNA PRC effects. Integration of these different data of transcriptome and ChIP-chip, coupled with study of motifs discovery, will allow to construct the transcriptional regulatory networks necessary to the understanding of PRC pathways. These networks will make possible the detection of therapeutic targets allowing to correct pathological condition.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (114 f.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 107-110 [49 réf.]

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  • Bibliothèque : Université de Nantes. Service commun de la documentation. BU Santé.
  • Non disponible pour le PEB
  • Cote : 10 NANT 23-VS
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