Les entérocoques résistants à la vancomycine : de la diversité à la clonalité : [Thèse soutenue sur un ensemble de travaux]

par Nancy Bourdon

Thèse de doctorat en Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie

Sous la direction de Roland Leclercq.

Soutenue en 2010

à Caen .


  • Résumé

    Ce travail analyse l’évolution des souches épidémiques de Enterococcus faecium re��sistants à lavancomycine dans les hôpitaux français depuis 2006, à l’aide de différentes méthodes moléculaires et évalue des techniques émergentes de typage et de détection. La technique de MLST a permis de confirmer que les souches hospitalières appartiennent au complexe clonal CC17. Différents Sequence Types (ST) sont impliqués dans les épidémies sans qu’il ait été possible d’identifier un ST plus particulièrement virulent. L’émergence des souches de Enterococcus faecalis résistantes à la vancomycine et à de hauts niveaux de gentamicine a été également mis en évidence. Elles constituent un groupe particulier de souches appartenant toutes au complexe clonal CC2, où la présence de facteurs de virulence est plus fréquente. Une technique entièrement automatisée de PCR permettant la détection de gènes de résistance à la vancomycine dans les selles a été évaluée. Sa valeur prédictive négative est excellente alors que sa valeur prédictive positive est médiocre, probablement du fait de la présence de gènes de résistance à la vancomycine chez des bactéries anaérobies du tube digestif. Une nouvelle technique de typage automatisée basée sur la rep-PCR pour identifier les souches épidémiques a été évaluée. Cette technique reproductible, s’est avérée plus discriminante que l’électrophorèse en champ pulsé. La mise au point d’une méthode de typage alternative des souches épidémiques de E. Faecium, basée sur l’analyse de séquences multiples de gènes codant pour des protéines de surface spécifiques de l’espèce a été étudiée. Les gènes clfA-like et orf884 sont des cibles intéressantes dans l’étude préliminaire.

  • Titre traduit

    Vancomycin-resistant enterococc : from diversity to clonality


  • Résumé

    This work analyses evolution of epidemic Enterococcus faecium isolates resistant to vancomycin in French hospitals since 2006, using various molecular techniques and evaluates new typing and detection methods. MLST analysis confirmed that hospital isolates belonged to the clonal complex CC17. Various sequence-types (ST) are responsible for outbreaks although no particularly virulent ST could be identified. We have also shown that Enterococcus faecalis isolates resistant to vancomcyin and to high levels of gentamicin are emerging. These isolates formed a particular group belonging to clonal complex CC2. Moreover, the presence of virulence factors appeared frequent in these isolates. An automated PCR technique detection of vancomycin resistance genes in stools was evaluated. The negative predictive value was excellent whereas the positive predictive value was low probably in relation to the presence of vancomycin resistance genes in anaerobic bacteria in the digestive tract. A new automated technique based on rep-PCR for typing of outbreak isolates was also evaluated. This reproducible technique was more discriminant than pulsed field gel electrophoresis. An alternative technique for typing of E. Faecium was proposed. This technique was based on the analysis of variables sequences of genes coding for surface proteins specific to E. Faecium. In a preliminary study, clfA-like and orf884 were promising target genes.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (194 f.)
  • Annexes : Bibliogr. f. 174-194

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  • Bibliothèque : Université de Caen Normandie. Bibliothèque universitaire Santé.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 10 CAEN 3128
  • Bibliothèque : Bibliothèque interuniversitaire de santé (Paris). Pôle pharmacie, biologie et cosmétologie.
  • Non disponible pour le PEB
  • Cote : MFTH 8612
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