Etude des flux microbiens dans les étables de production laitière de Franche-Comté et de Bavière : intérêts dans les domaines de l'asthme et de l'allergie

par Anne-Cécile Normand

Thèse de doctorat en Sciences de la vie et de la santé

Sous la direction de Renaud Piarroux.


  • Résumé

    A la fin des années 1980 a émergé l'hypothèse hygiéniste selon laquelle le contact précoce des enfants avec les allergènes de l'environnement leur confère une protection contre l'asthme et les maladies allergiques. Les nombreuses études menées depuis ont montré une tendance à developper moins de symptômes allergiques ou asthmatiques chez les enfants vivant en contact avec les étables et les animaux de la ferme et buvant du lait cru. Les endotoxines, composants de la paroi des bactéries dites " à Gram négatif ", jouent un rôle primordial dans cette protection contre l'asthme. Afin d'accroître nos connaissances sur l'asthme et les autres maladies allergiques ainsi que de mettre en place les outils méthodologiques nécessaires à la surveillance de l'environnement de ces enfants, il a été établi une sorte de carte d'identité des étables, qui va être exposée ici. L'exposition des enfants à l'environnement de la ferme prend plusieurs voies : respiratoire via l'air et la poussière, et digestive via le lait. Des prélèvements d'origine diverse provenant des fermes ont donc été analysés dans le cadre de deux études distinctes, une régionale (AgriSanté) et une européenne (GABRIEL). Ces deux études démontrent que l'environnement dans les fermes est complexe et très varié, et ce dans l'ensemble des compartiments analysés. Le prélèvement de poussière sédimentée sur une lingette électrostatique est apparu comme étant le plus reproductible et le plus représentatif d'une exposition durable de l'enfant. En effet, il apparaît que cette technique permet de s'affranchir des variations journalières de l'environnement fermier en mettant en évidence l'ensemble des espèces retrouvées par les autres méthodes (foin, paille, air, nourriture et autres). De plus, le prélèvement par lingette électrostatique s'avère le plus facile à mettre en place, en termes de coût et de logistique. Grâce à l'étude AgriSanté, il a été montré que la flore présente dans le lait provient de la surface des trayons des vaches, en contact avec le matériel de traite. Ce résultat a été obtenu en associant un inventaire des espèces bactériennes et fongiques cultivables et une analyse métagnéomique des bactéries présentes dans les échantillons de poussière de trois fermes. L'analyse en parallèle de l'état de santé des habitants tel qu'il apparaît dans les questionnaires de l'étude GABRIEL et des micro-organismes détectés dans leur environnement par la technique des lingettes électrostatiques a montré que la présence de certains taxa fongiques et/ou bactériens est associée à un moindre risque d'atopie. En conclusion, ces deux études ont mis en évidence certaines voies de contaminations de l'air des étables et des chambres des fermes, ainsi que certaines voies de contamination du lait en fin de traite, tel qu'il est consommé par certains enfants d'agriculteurs. La mise en place d'études faisant appel à des techniques de PCR en temps réel ciblant spécifiquement certaines espèces est maintenant envisageable. Il sera ainsi possible de rechercher sélectivement la présence de microorganismes d'intérêt. Des protocoles de clonage sur des échantillons de poussière peuvent également être envisagés afin de parfaire l'exploration de la diversité bactérienne et fongique de nos prélèvements. Ce travail, fort des résultats qu'il apporte, est un premier pas dans une nouvelle approche de la lutte contre les maladies respiratoires. Ses résultats pourront servir de base à d'autres travaux dans les domaines de l'allergie et de l'asthme, tandis que les nouvelles techniques présentées ici pourraient s'appliquer dans de nombreux autres domaines.


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Informations

  • Détails : 1 vol. (276 p.)
  • Notes : Thèse disponible en texte intégral (au format PDF) dans la base de données ARTUR-FC, accessible à partir de l’adresse www.scd.univ-fcomte.fr puis lien vers ARchive des Travaux Universitaires et de la Recherche - Franche-Comté (= ARTUR-FC : nom de la base des productions scientifiques de l Université de Franche-Comté)
  • Annexes : Bibliogr. p. 193-210 et en fin des articles

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  • Bibliothèque : Bibliothèque universitaire Santé (Besançon).
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : WF.600.NOR.2010
  • Bibliothèque : Bibliothèque universitaire Santé (Besançon).
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  • Cote : SVS.BESA.2010.NOR
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