Analyse du transcriptome du virus d'Esptein-Barr (EBV) par séquençage de nouvelle génération (NGS) dans les cellules et les exosomes de lymphomes humains et particulièrement de lymphome T angio-immunoblastique (LAI)

Analysis of Epstein-Barr virus (EBV) transcriptome by next generation sequencing (NGS) in human lymphoma cells and exosomes, particularly in angioimmunoblastic T cell lymphoma (AITL)

• Auteur / Autrice : Nader Bayda
• Direction : Sylvie Ranger-Rogez, Mohamad Adnan Halabi
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Immunologie, oncologie, inflammation et infectiologie
• Date : Soutenance le 20/12/2022
• Etablissement(s) : Limoges
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Ω-LIM-Biologie-Chimie-Santé (Limoges ; 2022-)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Contrôle de la Réponse Immune B et Lymphoproliférations (Limoges ; 2018-....)
• Jury : Président / Présidente : Jean Feuillard
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Sylvie Ranger-Rogez, Mohamad Adnan Halabi, Arnaud Jaccard, Évelyne Manet
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Pierre Busson, Philippe Gaulard

Mots clés

Mots clés contrôlés

Séquençage à haut débit

Cancérogenèse

Lymphadénopathie angio-immunoblastique

Virus d'Epstein-Barr

Mots clés libres

Exosome

Immunoévasion

EBV

Lymphome T angio-immunoblastique

LAI

NGS

Exosome

Immunoevasion

Oncogenesis

Angioimmunoblastic T-cell lymphoma

AITL

Résumé

Le virus d’Epstein-Barr (EBV), herpèsvirus oncogène, est associé à des carcinomes et lymphomes B ou T. Le lymphome T angio-immunoblastique (LAI) porte l’EBV dans 90% des cas sans qu’on sache quel rôle il y joue. Les exosomes, petites vésicules liées à la membrane, transportent un grand nombre de molécules pour favoriser la communication intercellulaire. L’EBV pourrait utiliser les exosomes pour contribuer au développement et à la dissémination de néoplasies. Afin d’éclaircir ces points, nous avons étudié le transcriptome de l’EBV dans les adénopathies de 14 LAI et 21 autres lymphomes B et T, ainsi que de 11 lignées cellulaires, puis dans les exosomes de ces mêmes lignées. Un séquençage de nouvelle génération (NGS) avec technique de capture des ARN viraux a été réalisé. Les « reads » obtenus ont été alignés contre le génome de l’EBV et normalisés en transcrits par million (TPM). Les transcrits BART étaient les transcrits de latence les plus exprimés dans les LAI suggérant qu’ils jouent un rôle dans cette pathologie. Les LAI présentaient une latence de type IIc avec expression de BNLF2a et des protéines de latence II. L’expression simultanée de BCRF1, interleukine-10 virale, et de BNLF2a, bloquant la présentation antigénique aux lymphocytes T cytotoxiques, pourrait participer à la survie des cellules tumorales infectées. Les transcrits de BNLF2a et BKRF4, protéines impliquées dans l’immunoévasion, ont été trouvés en abondance dans les exosomes de toutes les lignées. Les transcrits d’autres gènes, codant des protéines impliquées dans l’immunoévasion ou dans la prolifération cellulaire, ont aussi été trouvés à un taux élevé dans les exosomes de la plupart des lignées.Les résultats obtenus laissent envisager une participation de l’EBV à la pathologie du LAI. Le virus pourrait utiliser les exosomes pour transporter des molécules permettant de renforcer sa participation dans l’oncogenèse et sa fonction dans l’échappement au système immunitaire.

The Epstein-Barr virus (EBV), an oncogenic herpesvirus, is associated with carcinomas and B or T lymphomas. Angioimmunoblastic T-cell lymphoma (AITL) is associated with EBV in 90% of cases, but its role is unknown. Exosomes, small membrane-bound vesicles, carry a large number of molecules to promote intercellular communication. The EBV could use exosomes to contribute to the development and dissemination of neoplasms. To clarify these points, we studied the EBV transcriptome in adenopathies of 14 AITLs and 21 other B and T lymphomas, as well as 11 cell lines, then in exosomes of the same cell lines. Next- generation sequencing (NGS) with capture technique of viral RNAs was performed. The reads obtained were aligned against the EBV genome and normalized to transcripts per million (TPM). BART transcripts were the most expressed latency transcripts in AITLs, suggesting they play a role in this pathology. AITLs showed a latency type IIc with BNLF2a expression and latency II proteins. Simultaneous expression of BCRF1, a viral interleukin-10, and BNLF2a, which blocks antigen presentation to cytotoxic T lymphocytes, may be involved in the survival of infected tumor cells. Transcripts of BNLF2a and BKRF4, proteins involved in immunoevasion, were found in abundance in exosomes of all cell lines. Transcripts of other genes, which encode proteins involved in immunoevasion or cell proliferation, were also found at high levels in exosomes of most cell lines.These results suggest the involvement of EBV in the pathology of AITL. The virus could use exosomes to transport molecules in order to reinforce its participation in oncogenesis and its function in immune escape.