Analyse du transcriptome des souches virulentes et atténuées d'Ehrlichia ruminantium et application au développement de vaccin de deuxième génération

par Loïc Emboulé

Thèse de doctorat en Biologie

Sous la direction de Thierry Lefrançois.

Soutenue en 2010

à Antilles-guyane .


  • Résumé

    La bactérie intracellulaire obligatoire Ehrlichia ruminantium (ER) est l'agent pathogène responsable de la cowdriose ou heartwater chez les ruminants domestiques et sauvages. Pour élucider la pathogénèse de la bactérie dans les cellules endothéliales, l'analyse du transcriptome a été entreprise en comparant le niveau d'expression des souches Gardel virulente et atténuée dont les génomes ont été séquencés. La sélection des transcrits bactérien a été réalisé grâce à l'adaptation de la méthode SCOTS à notre modèle. Les cDNA obtenus par SCOTS ont été hybridés sur des puces à ADN pangénomique d'ER spécifiques des souches Gardel et Welgevonden. Cette étude a révélé 239 gènes différentiellement exprimés entre souche virulente et atténuée dans les cellules infectées aux 3 stades évolutifs étudiés. 116 gènes ont été détectés au temps le plus tardif de l'infection (corps élémentaires libres). Parmi les gènes surexprimés par la souche virulente, certains sont connus chez d'autres bactéries intracellulaires (R conorii. ) pour leurs implications dan l'échappement à la réponse de l'hôte: réparation de l'ADN (helicase, Iigase), échappement au stress oxydatif et osmotique (thioredoxine), ainsi que dans l'inhibition de la fusion des endosomes (SNARE) et dans le ralentissement de l'apoptose (Ank A). Parmi le gènes surexprimés chez la souche atténuée, certains peuvent induire une réponse immunitaire protectrice. En combinant les données génomiques des groupes de gènes potentiellement co-régulés ont été identifiés notamment le « cluster » recB. La validation des résultats par qRTPCR et l'analyse du protéome d'ER sont en cours, ce qui nous offre une perspective d'analyse fonctionnelle.

  • Titre traduit

    Analysis of the transcriptome of virulente and attenuated strains of Ehrlichia ruminantium and application development second generation vaccines


  • Résumé

    The obligatory intracellular bacterium Ehrlichia ruminantium (ER) is a pathogen responsible for heartwater wich affects in wild and domestic ruminants. To elucidate the pathogenesis of ER in endothelial cells, a high throughput analysis of its transcriptome was done. A comparison of gene expression between two sequenced strains was done: Gardel virulent and attenuated. Selective capture of ER transcribed sequences was done using the SCOTS method which has been adapted to our model. The cDNA were hybridized on pangenomic ER microarrays specific of both Gardel and Welgevonden strains. 239 genes were identified to be differentially expressed between virulent and attenuated Gardel strains in host cells within the three developmental stages studied. 116 genes were detected at the late stage corresponding to free elementary bodies. Among overexpressed genes identified for virulent strain, sorne genes have been described previously in other intracellular bacteria (R. Conorii) to be involved in the host cell immune response escape. They were mainly involved in DNA repair (helicase, Iigase), diminution of the oxidatif (thioredoxine) and osmotic stress, the inhibition of endosome fusion (SNARE) and diminution of apoptosis (Ank A). Sorne interesting genes over-expressed for attenuated strain could induce a protective immune response. Genomic and transcriptomic comparison of data from both strains allowed identification of several cluster of genes potentially co-regulated such as the cluster recB. The qRTPCR validation of differential gene expression identified by microarrays is currently done. In parallel, ER proteomic analysis 1 paves the way for further functional analysis.

Consulter en bibliothèque

La version de soutenance existe sous forme papier

Informations

  • Détails : 1 vol. (166 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. 185 réf. Annexes

Où se trouve cette thèse ?