NMR struture determination and MD simultations of membrane peptides and proteins : a peptide derived from H+-V-ATPase subunit alpha, and MscL

par Louic Sebichniev Vermeer

Thèse de doctorat en Biologie structurale. Biophysique

Sous la direction de Alain Milon.

Soutenue en 2009

à Toulouse 3 .

  • Titre traduit

    Détermination de structure par RMN et simulations dynamique moleculaire de peptides et protéines membranaires : un peptide derivé de la sous-unité a d'une H+-V-ATPase, et MscL


  • Résumé

    H+-V-ATPase est une protéine responsable de la translocation des protons. Les propriétés structurales d'un peptide dérivé de la sous-unité a de H+-V-ATPase, ont été étudiées. La structure dans des micelles de SDS a été déterminée par RMN. Il a été démontré par dichroisme circulaire que le peptide est structuré en feuillet beta dans l'octylglucoside à haut pH, tandis qu'il présente 60\% d'hélice alpha dans le SDS. Ces observations ont été expliquées par des simulations de dynamique moléculaire, qui ont démontré que le peptide est inseré dans la micelle de SDS à haut pH, alors qu'en présence d'octylglucoside il est en interaction avec la surface de la micelle. La structure RMN en combinaison avec les simulations nous a permis d'identifier les residues participant au canal périplasmique. Dans la deuxième partie de la thèse, des essais de préparation d'échantillons du canal mécanosensible de haute conductance (MscL) dans des bicouches orientées de lipides ont été réalisés afin d'étudier cette protéine par RMN du solide.


  • Résumé

    The structural properties of a peptide derived from the proton translocating H+-V-ATPase subunit a were studied. An NMR structure was obtained in SDS micelles. Circular dichroism measurements indicated that the peptide formed a beta-sheet at high pH in octylglucoside, while it was 60% alpha-helical in SDS. These findings were explained using molecular dynamics simulations, which indicated that at high pH the peptide took a transmembrane position in SDS but was located in the interface region in octylglucoside. The combination of the NMR structure and the MD simulations allowed us to identify the residues that line the lumenal proton channel.

Consulter en bibliothèque

La version de soutenance existe sous forme papier

Informations

  • Détails : 1 vol. (203 p.)
  • Annexes : Bibliogr. à la fin des chapitres

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paul Sabatier. Bibliothèque universitaire de sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 2009TOU30020
Voir dans le Sudoc, catalogue collectif des bibliothèques de l'enseignement supérieur et de la recherche.