Nouvelle approche méthodologique pour la prise en compte de la flexibilité dans les interactions entre molécules biologiques : les modes statiques

par Marie Brut

Thèse de doctorat en Nanophysique

Sous la direction de Mehdi Djafari-Rouhani.

Soutenue en 2009

à Toulouse 3 .

  • Titre traduit

    New methodological approach for the treatment of flexibility in the interactions between biological molecules : the Static ModesAs


  • Pas de résumé disponible.


  • Résumé

    La connaissance des propriétés structurales et physico-chimiques des biomolécules passe par une compréhension fine des interactions intra et inter-moléculaires. L'abondance des données et les enjeux socio-économiques nécessitent la mise en place de moyens d'analyse à haut débit, tels que la recherche in silico. Les algorithmes développés demeurent cependant peu satisfaisants pour le traitement de la flexibilité conformationnelle des macromolécules. Nous proposons dans cette thèse une nouvelle méthode, les Modes Statiques, afin d'obtenir un algorithme prenant en compte la flexibilité totale du système. Cette approche, fondée sur le concept de déformations induites entre deux macromolécules en interaction, vise à déterminer tous les modes de déformation possibles d'une molécule. Chaque déformation, appelé Mode Statique, résulte d'une excitation extérieure sur un atome de la biomolécule. Ces modes sont calculés en fonction des constantes de force contenues dans le modèle énergétique. Ils sont ensuite stockés pour des utilisations futures, du docking en particulier. Le problème du docking se réduit alors à des interaction entre sites, les déformations moléculaires émanant des Modes Statiques pré-calculés. Ce travail a donné lieu au développement d'un code, Flexible, dont nous présentons les premières applications aux propriétés de diverses molécules uniques : des polymères thermosensibles aux enzymes allostériques, en passant par les acides nucléiques.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (146 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 123-145

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paul Sabatier. Bibliothèque universitaire de sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 2009TOU30018
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