Analyse du core-TFIIH par des approches expérimentales, bioinformatiques et de génomiques comparatives

par Florence Bedez

Thèse de doctorat en Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie

Sous la direction de Dino Moras.

Soutenue en 2009

à Strasbourg .


  • Résumé

    Le facteur TFIIH est impliqué dans le cycle cellulaire, la réparation de l’ADN et la transcription. Il s’organise en 2 sous complexes, le CAK et le core. Au cours de l’élongation de la transcription, il phosphoryle notamment le domaine C-terminal de la POLII sur la sérine 5 et 7 permettant le recrutement des protéines impliquées dans la maturation des ARNm et des snRNA. Au cours de ce travail; nous avons mené des études expérimentales afin d’identifier les partenaires du core et de cartographier les interactions protéiques au sein du core. La purification du core endogène a nécessité la mise en place de la méthodologie TAP-TAG et indiquent des résultats prometteurs. Les études d’interaction mettent en évidence le rôle du C-terminal de p34 dans l’intégrité du core. L’étude bioonformatique a consisté à établir le bilan présence absence des sous unités du core chez 65 eucaryotes ainsi que les alignements de séquences complètes (MACS) pour chaque sous unité. Les résultats montrent une conservation du core chez les eucaryotes à l’exception de certains protistes. Les MACS révèlent la perte du domaine PH de p62 chez E. Histolytica, et une forte divergence des séquences p34 chez les Euglenozoae. Afin de proposer un rôle biologique pour p62 et p34, nous avons choisi la méthode des profils phylogénétiques. Pour p62, les résultats suggèrent un lien fonctionnel entre le domaine PH et l’activation transcriptionnelle via la modification des histones par Bre1 et Set1. Pour p34, un tiers des protéines présentant un profil similaire à p34 sont impliquées dans l’épissage et l’addition de la coiffe suggérant un lien fonctionnel entre le core et la maturation des ARNm.

  • Titre traduit

    Analysis of the core-TFIIH using experimental, bioinformatic and comparative genomic approachs


  • Résumé

    TFIIH is a factor involved in transcription, cell cycle and DNA repair. It consists of ten subunits organized in two sub-complexes, the core and the CAK. During transcription elongation, the RNA POLII carboxy-terminal domain phosphorylation by TFIIH plays a role in transcription of protein coding and snRNA genes. First, our study consisted to identify the transient interacting proteins of the core using TAP tag strategy and to dissect the protein interacting domains within the core. The purification of the endogenous core required the technological development of TAP tag. Our first results suggest that adaptations will be necessary to purify the core with transient partners. The interaction studies showed the role of C-terminus domain of p34 in the core stability. Secondly, we used a comparative genomics approach consisting to establish the phylogenetic distribution of the core-TFIIH subunits in eukaryotes and to construct a multiple alignment of complete sequences (MACS) for each subunit. Our results revealed the core conservation in eucaryotes except in few protists. The MACS analysis exhibits the lost of p62 PH domain in E. Histolytica and the sequence divergences within p34 family in Euglenozoae. To get insights into p62 and p34 function, we used the phylogenetic profile methods. First, our results revealed that the gene sets sharing Tfb1 distribution is enriched in genes involved in histones modifications such Bre1and Set 1 and suggest a link between p62 and transcription activation. Secondly,they showed that the genes set sharing Tfb4 profile exhibits enrichment in genes of splicing and capping, suggesting a link between the core and the pre-mRNA processing.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (144 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. f. 137-144

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  • Bibliothèque : Université de Strasbourg. Service commun de la documentation. Bibliothèque Danièle Huet-Weiller.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : Th.Strbg.Sc.2009;0324
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