Implication des altérations de l'épissage de l'ARN dans les cancers héréditaires et dans l'amyotrophie spinale infantile

par Myriam Vezain

Thèse de doctorat en Biologie. Génétique

Sous la direction de Mario Tosi.

Soutenue en 2009

à Rouen .


  • Résumé

    Cette thèse traite des altérations constitutionnelles affectant l’épissage de l’ARN dans deux pathologies : les prédispositions génétiques aux cancers et l’amyotrophie spinale infantile (ASI). Nous avons mis en œuvre un test fonctionnel d’épissage utilisant des constructions basées sur des minigènes afin de détecter les conséquences sur l’épissage de toute variation nucléotidique de signification inconnue. Appliqué à l’interprétation des mutations identifiées lors du diagnostic génétique de prédispositions aux cancers du colon, du sein et de l’ovaire, ce test permet de reclasser près de 20% des variations de signification inconnue en mutations d’épissage. Certains de ces variants sont situés à distance des sites consensus d’épissage et peuvent altérer un motif régulateur d’épissage. Nous avons développé un ensemble d’outils d’analyse permettant leur cartographie et leur analyse fonctionnelle. Mes travaux sur l’ASI s’inscrivent dans la perspective d’essais cliniques, basés sur la correction de l’épissage du transcrit SMN2-D7. Afin de proposer des biomarqueurs indicateurs de l’efficacité du traitement, nous avons développé et validé une méthode sensible et robuste de dosage des ARNm issus de l’expression du gène SMN2. La dernière partie de mes travaux décrit l’étude d’un patient portant seulement deux copies du gène SMN2 avec un phénotype exceptionnellement modéré d’une ASI de type III. Nous avons montré qu’une mutation rare, sur les deux copies du gène SMN2 de ce patient, induit l’inclusion de l’exon 7 dans l’ARNm de SMN2. L’investigation sur le plan biochimique de ce variant a permis d’accéder à certains aspects de la régulation de l’épissage de l’exon 7 des gènes SMN qui n’avaient pas encore été décrits.


  • Résumé

    This thesis deals with constitutional changes affecting RNA splicing in in two groups of genetics diseases: genetic predisposition to cancer and the neuromuscular disease spinal muscular atrophy (SMA). We developed minigene-based constructs functional assay to detect the effect on splicing of nucleotide variations of unknown significance. We applied this assay to the interpretation of mutations identified in the molecular diagnosis of genetic predisposition to colon cancer and to breast and ovarian cancer, and found that nearly 20% of the variation of unknown significance could be reclassified into splicing mutations. Some of these variants are located at a distance of consensus splice sites and can affect a splicing regulatory element. We developed a set of analytical tools to map these regulatory elements and to analyze them functionally. My work on SMA is in the context of clinical trials based on the correction of the defective splicing of SMN2 transcripts. We developed and validated a sensitive and robust method to determine mRNA expression from the SMN2 gene. The last part of my work describes the study of a patient with only two copies of the SMN2 gene and an unexpectedly moderate clinical phenotype (type III SMA). We showed that a rare mutation on both copies of the SMN2 gene of this patient enhanced inclusion of exon 7 into the mRNA of SMN2. The biochemical investigation of this variant has highlighted previously unrecognized aspects of the regulation of splicing of exon 7 of SMN genes.

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  • Détails : 1 vol. (229 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 196-229. [580] réf.

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