Phylogénie, éléments transposables et évolution de la taille des génomes chez les lupins

par Frédéric Mahé

Thèse de doctorat en Biologie

Sous la direction de Marie-Thérèse Misset et de Abdel-Kader Aïnouche.

Soutenue en 2009

à Rennes 1 , dans le cadre de École doctorale Vie-Agro-Santé (Rennes) , en partenariat avec Université européenne de Bretagne (autre partenaire) .


  • Résumé

    Les génomes sont des structures dynamiques, variant en taille et en composition, dans lesquelles les rétrotransposons jouent un rôle moteur. Dans ce cadre, nous nous sommes fixé trois objectifs de travail : 1) clarifier les relations phylogénétiques au sein du genre Lupinus (Fabaceae) en complétant les jeux de données existant (ARNr-ITS) et en explorant de nouveaux marqueurs nucléaires (ARNr-ETS et SymRK), 2) évaluer par amplification et par hybridation in situ la diversité, l’abondance et le rôle des rétrotransposons Ty1/copia et Ty3/gypsy dans les variations de taille de génome des lupins, et 3) séquencer, annoter et comparer la première région génomique disponible pour un lupin avec les régions homologues d’autres fabacées. Le cadre phylogénétique obtenu améliore notre compréhension de l’histoire évolutive des lupins, et combiné avec l’exploration des rétrotransposons, met en évidence des schémas de variation de taille de génome différents d’une lignée à l’autre. Ces résultats globaux sont complétés par la mise en évidence de la diversité et de l’impact des rétrotransposons au niveau génomique.

  • Titre traduit

    Phylogeny, transposable elements and genome size evolution in lupines


  • Résumé

    Genomes are dynamic structures, varying in size and composition, in which retrotransposons play a major role. In this context, we set three goals: 1) clarify phylogenetic relationships within genus Lupinus (Fabaceae) in supplementing the existing data sets (rRNA-ITS) and exploring new nuclear markers (rRNA-ETS and SymRK), 2) assess by amplification and in situ hybridization the diversity, abundance and role of retrotransposons Ty1/copia and Ty3/gypsy in Lupinus genome size variation, and 3) sequencing, annotating and comparing the first genomic region available for lupine with homologous regions in other Fabaceae. The obtained phylogenetic framework improves our understanding of the evolutionary history of lupines, and combined with the exploration of retrotransposons, highlights lineage-specific patterns of genome size variation. These global results are complemented by new insights on the diversity and impact of retrotransposons at the genomic level.

Autre version

Cette thèse a donné lieu à une publication en 2010 par [CCSD] à Villeurbanne

Phylogénie, éléments transposables et évolution de la taille des génomes chez les lupins

Consulter en bibliothèque

La version de soutenance existe sous forme papier

Informations

  • Détails : 1 vol. (239 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. p. 191-234

Où se trouve cette thèse\u00a0?

  • Bibliothèque : Université de Rennes 1. Service commun de la documentation. BU Beaulieu.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TA RENNES 2009/166

Cette version existe également sous forme de microfiche :

  • Bibliothèque : Université de Lille. Service commun de la documentation. Bibliothèque universitaire de Sciences Humaines et Sociales.
  • Non disponible pour le PEB
  • Cote : 2009REN1S166
Voir dans le Sudoc, catalogue collectif des bibliothèques de l'enseignement supérieur et de la recherche.