Étude structurale et fonctionnelle d'ARN non codants exprimés chez Staphylococcus aureus

par Ambre Jousselin

Thèse de doctorat en Biologie

Sous la direction de Brice Felden et de Laurent Metzinger.

Soutenue en 2009

à Rennes 1 .


  • Résumé

    Les ARN non codants (ARNnc) sont des ARN qui ne sont généralement pas traduits en protéine. Ils sont impliqués dans la régulation de processus physiologiques variés tels que la réplication, la transcription et la traduction et parfois dans la virulence bactérienne. Ils sont classés en deux groupes selon leur mode d’action : (i) les ARN agissant par appariement à un ou plusieurs ARNm cibles et qui font intervenir, chez Escherichia coli (E. Coli), un partenaire protéique appelé Hfq ; (ii) les ARN régulant l’activité de protéines cibles. Staphylococcus aureus (S. Aureus) est une bactérie commensale responsable de vingt pour cent des infections nosocomiales en France. Il occasionne des infections superficielles mais aussi plus profondes. L’expression de sa virulence est régulée par un ARN, l’ARNIII. Au laboratoire, un précédent travail a abouti à l’identification de sept nouveaux ARNnc exprimés chez S. Aureus. Dans un premier temps, nous avons montré par des expériences de retard sur gel, Northern Blot et biopuces que la protéine Hfq a un rôle limité dans les relations ARNnc/ARNm chez S. Aureus comparé à E. Coli. Ensuite, nous avons étudié de manière structurale et fonctionnelle l’un de ces nouveaux ARNnc : SprA (Small pathogenicity island RNA). Des expériences de digestions montrent l’existence de deux pseudonoeuds centraux. SprA est fortement structuré ce qui est compatible avec son appartenance à la deuxième classe. Nous avons également mis au point les outils génétiques permettant l’étude la fonction de SprA : (i) une souche surexprimant cet ARNnc (ii) ainsi qu’une souche de délétion. L’étude des phénotypes engendrés par les variations d’expression de SprA est en cours.

  • Titre traduit

    Functional and structural study of sRNAs expressed in Staphylococcus aureus


  • Résumé

    Non coding RNAs (ncRNAs) are non conventionnal RNAs ususally untranslated. They are involved in regulation of physiological processes such as replication, transcription, translation and for some of them bacterial virulence. They are divided in two groups : (i) those interacting with target(s) mRNA(s), the pairing being assisted, in Escherichia coli (E. Coli) by the RNA chaperone Hfq; (ii) and those exerting direct regulation on protein activities. Staphylococcus aureus (S. Aureus) is an opportunistic Gram positive bacterium responsible of twenty per cent of hospitally acquired infections in France. It is a causative agent of diseases ranging from minor skins infections to life threatening conditions as well as toxin mediated diseases. The expression of virulence in S. Aureus is mediated by an RNA known as RNAIII. In our laboratory, a previous work lead to the identification of seven new ncRNAs expressed by S. Aureus. At first, we showed, through gel shifts and Northern Blot experiments and microarrays, that Hfq has a limited role in ncRNAs mediated regulation in S. Aureus compared to E. Coli. Secondly, we have studied structure and function of one of the new ncRNAs : SprA (Small pathogenicity island RNA). Enzymatic et chemical probing lead to the discovery of two central pseudoknots in solution. SprA is much more structured than expected, suggesting that it belongs to the second class. We also constructed genetic tools to characterize SprA’s functions : (i) a strain overproducing SprA and (ii) a strain where the SprA gene is disrupted. The phenotypical effects induced by the modulation of SprA expression are still in progress.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (119 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. f. 100-119

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  • Bibliothèque : Université de Rennes I. Service commun de la documentation. Section sciences et philosophie.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TA RENNES 2009/72
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