Recherche de marqueurs de contamination spécifiques des effluents d'élevages porcins

par Romain Marti

Thèse de doctorat en Chimie. Microbiologie

Sous la direction de Anne-Marie Pourcher.

Soutenue en 2009

à Rennes 1 .


  • Résumé

    La nouvelle directive européenne 2006/7/CE demande aux Etats membres d'établir des profils de baignade nécessitant une hiérarchisation des sources de pollution. Il est donc nécessaire de posséder des outils permettant d'identifier l'origine de la contamination fécale. Dans le contexte de la Bretagne qui concentre 56 % de la production porcine nationale, nous avons axé notre travail sur la recherche d'un indicateur de contamination porcine Dans un premier temps, nous avons étudié le comportement des populations bactériennes dominantes des lisiers par une technique d’empreinte génétique afin de rechercher des espèces dont la présence soit systématiquement retrouvée dans tous les types de lisiers. Deux espèces, Bifidobacterium thermacidophilum subsp. Porcinum et Lactobacillus sobrius/amylovorus ont été mises en évidence dans l'ensemble des lisiers analysés. Un protocole en PCR nichée ou par PCR en temps réel ont permis de démontrer la spécificité de B. Thermacidophilum subsp. Porcinum et L. Sobrius/amylovorus, respectivement, pour le porc. La persistance de L. Sobrius/amylovorus a été évaluée en microcosmes constitués d'eau de rivière ensemencée avec du lisier en présence ou non d'oxygène et à deux températures (4 et 20°C). Les résultats de l'étude ont montré que l'augmentation de la température et du taux d'oxygène diminuait la survie du marqueur dans l'eau. Etant donné la spécificité de L.  sobrius/amylovorus et sa persistance qui est proche de celles des indicateurs conventionnels de pollution, cette espèce que nous avons détectée dans les eaux de surface, paraît être un marqueur pertinent de contamination porcine.

  • Titre traduit

    Research of specific contamination markers of pig husbandry effluents


  • Résumé

    European Directive 2006/7/CE asks to the European government to establish the swimming profile of recreational water. Thus, it is necessary to have tools that allow us to determine the origine of fecal pollution. In the background of Brittany, which concentrates 56 % of French pig production, we focused ours researches on a pig fecal marker. In a fist step, we studied the behaviour of dominant fecal bacterial populations in manure with a fingerprinting technique. The goal of this step was to find a bacterium always present in raw or treated manure by biological process. Two species, Bifidobacterium thermacidophilum subsp. Porcinum and Lactobacillus sobrius/amylovorus were highlighted in all manure samples. With nested PCR or real-time PCR, B. Thermacidophilum subsp. Porcinum and L. Sobrius/amylovorus, respectively, were found in all pig effluents, showing a great specificity. Persistence of L. Sobrius/amylovorus was also evaluated in microcosm in river water polluted by raw manure. Tow abiotic factors were study: oxygen and temperature. Results have shown that increase of temperature with oxygen, decrease the persistence of L. Sobrius/amylovorus in water like fecal indicators. With the good specificity and the persistence of L. Sobrius/amylovorus, we have a promising tool for tracking the pig fecal contamination in water.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (165 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. p. 147-165

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université de Rennes I. Service commun de la documentation. Section sciences et philosophie.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TA RENNES 2009/57
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