Transcription termination and degradation of RNA in saccharomyces cerevisiae

par Rajani Kanth Gudipati

Thèse de doctorat en Sciences biologiques. Biologie moléculaire

Sous la direction de Domenico Libri.

  • Titre traduit

    Terminaison de la transcription et dégradation des ARNs chez Saccharomyces cerevisiae


  • Pas de résumé disponible.


  • Résumé

    Les trancrits crytiques instables (CUTs) sont de petits ARNs de 300-600nt transcrits par l’ARN polymérase II qui sont rapidement dégradés par l’exosome nucléaire de levure. Les CUTs sont uniforméments répartis sur tout le génome de levure ou ils constitueraient la plus grande partie de la transcription cachée. Le processus de terminaison associé a la transcription des genes de type CUTs fait appel au complexe Nrd1 qui intervient également dans la terminaison des précurseurs de sno/snARNs. Nous avons montré que ce mode de terminaison, ainsi que la subséquente dégradation d’ARN, dépend de la distance entre l’ARN polymerase II et le site d’initiation de transcription, de manière corrélée avec l’état de phosphorylation du domaine carboxy-terminal (CTD) de l’ARN polymerase II. L’exosome est un complexe multi-protéique, structuralement et fonctionnellement conservé au cours de l’évolution, intervenant dans la degradation exonucléolytique 3'5' d’ARN. DIS3/Rrp44p est la seule sous-unité de l’exosome qui est active enzymatiquement. Cette activité est duale et repartie sur deux domaines fonctionnellement distincts ; l’un en C-terminal pour l’activité exonucléolytique 3'5' et un domaine de type PIN pour le clivage endonucléolytique. Nous avons découvert de manière fortuite qu’une double mutations des domaines Exo- et Endo- nucléolytiques est nécessaire pour la stabilisation de formes allongées en 3’ du snoARN SNR13 alors que la mutation individuelle de chacun des deux domaines n’est pas suffisante. L’analyse du transcriptome pas le biais de puces de type « micro-arrays » nous a montrés que de nombreuses classes de transcrits sont stabilisées dans les mutants de dis3. Tous ces résultats ont été ou sont en cours de confirmation par d’autres analyses individuelles des nouveaux ARN candidats.


  • Résumé

    Cryptic unstable transcripts (CUTs) are short, 300-600nt RNA polymerase II transcripts that are rapidly degraded by the nuclear RNA exosome in yeast. CUTs are widespread and likely represent the largest share of hidden transcription in the yeast genome. Similarly to sno/snRNAs, transcription of CUTs encoding genes is terminated by the Nrd1 complex pathway. We have shown that this termination mode and ensuing CUTs degradation critically depend on the position of RNA polymerase II relative to the transcription start site and that position sensing correlates with the phosphorylation status of the polymerase carboxy terminal domain (CTD). The exosome is a multi-subunit 3'5' exonucleolytic complex that is conserved in structure and function in all eukaryotes studied to date. Apart from DIS3/Rrp44p, the other core components of the exosome are enzymatically inactive. Rrp44p have two active domains. The C-terminal domain possesses exonucleolytic activity and the N-terminal PIN domain has an endonucleolytic activity. We have serendipitously observed that mutation of both endo- & exonucleolytic domains of Rrp44p leads to the stabilization of 3’extended SNR13 RNA that readthroughs in to the downstream gene where as mutation of either of the two domains does not lead to transcript stabilization. Apart from SNR13, we have also observed stabilization of other transcripts. Transcriptome analysis by microarray indicates that many classes of transcripts are stabilized in dis3 mutants. Micro array data was confirmed by analyzing the candidate transcripts by Real Time qPCR and Northern blots. Deep analysis of micro-array data is awaited.

Consulter en bibliothèque

La version de soutenance existe sous forme papier

Informations

  • Détails : 1 vol. (109 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 93-109

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paris-Sud (Orsay, Essonne). Service Commun de la Documentation. Section Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 0g ORSAY(2009)232
Voir dans le Sudoc, catalogue collectif des bibliothèques de l'enseignement supérieur et de la recherche.