Identification de marqueurs et développement de puces à protéines pour la caractérisation du protéome et la classification des tissues cancéreux

par Damjana Kastelic

Thèse de doctorat en Sciences biologiques. Ingénierie des protéines

Sous la direction de Radovan Komel et de Denis Pompon.

Soutenue en 2009

à l'Université de Paris-Sud. Faculté des Sciences d'Orsay (Essonne) en cotutelle avec l'University of Ljubljana biotechnical faculty .


  • Résumé

    Malgré une incidence en décroissance, le cancer gastrique reste un des plus fréquents chez l’homme et constitue la seconde cause de mortalité liée au cancer. Un des principaux obstacles pour améliorer le taux de survie est le manque de marqueurs diagnostiques permettant de déterminer les stages de développement cancéreux. Afin d’isoler des molécules affines utilisables comme nouveaux marqueurs, une approche originale a été développée pour la construction d’une banque de chaînes lourdes d’anticorps de lama. La bibliothèque a été sélectionnée de manière différentielle par exposition sur phage en utilisant des extraits protéiques de tissus gastriques cancéreux et normaux. Après sélection, un ensemble de phages, démontrant une affinité différentielle pour les tissus sains et cancéreux, a permis la production d’anticorps solubles et la purification par chromatographie d’affinité des antigènes correspondants. Les antigènes exprimés de manière différentielle ont été résolus par électrophorèse 2D et identifiés par spectrométrie de masse. De plus, des domaines variables de chaînes lourdes de haute affinité reconnaissant spécifiquement les marqueurs cancéreux p53, Bcl-2 et VEGF ont été isolés de la bibliothèque et caractérisés en terme d’expression, de production, de solubilité, de spécificité et d’affinité. Sur les bases des séquences obtenues, un algorithme a été développé pour révéler les mécanismes de co-évolution entre la boucle CDR3 et le squelette des anticorps.

  • Titre traduit

    Identification of markers and development of protein biochips for characterization of proteome and typing of malignant tissues


  • Résumé

    Despite a declining incidence, gastric cancer is one of the commonest human cancers and is the second most frequent cause of cancer-related death. The main barrier for improving the survival rate is the lack of diagnostic markers able to determine developmental stages of the cancer. In order to isolate binders for novel cancer markers, an original approach was developed for construction of a heavy chain antibody library from llamas. The library was differentially screened on healthy versus tumorous gastric protein extracts using phage display. After selection, a pool of phages showing differential binding on cancerous vs normal tissue was used for soluble antibody production and further used for affinity chromatography of human cancerous tissue protein extracts. Differentially expressed antigens were resolved by 2D-electrophoresis and identified using mass spectrometry. In addition, high affinity heavy chain antibodies, specifically recognizing recombinant cancer biomarkers p53, Bcl-2 and VEGF were isolated from recombinant library and characterized in terms of expression, production, solubility, specificity and affinity. Isolated and publically available sequences were used to develop an original algorithm for the detection of somatic co-evolution processes at the interface between CDR3 hyper-variable loop and the antibody scaffold.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (XVII-192 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 170-192

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paris-Sud (Orsay, Essonne). Service Commun de la Documentation. Section Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 0g ORSAY(2009)191
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